Le esofagiti non legate al reflusso dipendono da molteplici cause. Esse associano, di solito, dei sintomi esofagei (dolori esofagei e disfagia in particolare) a dei segni generali (febbre, perdita di peso, ecc.) e, a volte, extraesofagei. L'endoscopia è, di solito, necessaria per la diagnosi e deve comportare molteplici biopsie stratificate, anche se non esistono lesioni notevoli, e, a volte, dei prelievi a scopo microbiologico. Le esofagiti infettive (micotiche e virali soprattutto), associate o meno a un'immunodepressione, medicamentose, caustiche e radiche, l'esofagite eosinofila e altre cause più rare sono considerate in un secondo tempo in questo articolo.