La majorité des parodontites apicales est provoquée par la présence de micro-organismes dans l'endodonte. Ces infections peuvent être primaires lorsqu'elles sont la résultante d'une pathologie initiale, secondaires lorsqu'elles apparaissent pendant ou à la suite d'un traitement et persistantes lorsque des pathogènes ayant survécu au traitement en sont à l'origine. La prévention des contaminations endodontiques au cours des soins passe par la mise en place d'une asepsie rigoureuse. À cet effet, l'utilisation d'un champ opératoire, encore appelé digue, permet d'isoler la dent traitée du milieu buccal et des micro-organismes qu'il contient. Son installation peut nécessiter une reconstruction préalable de la dent délabrée. Au cours de l'acte endodontique, l'antisepsie est assurée par une irrigation régulière et abondante, qui va en outre assurer la lubrification des instruments, l'évacuation des débris et la dissolution des tissus pulpaires et de l'enduit pariétal. Les débris pulpaires et les copeaux de dentine produits par l'instrumentation canalaire forment une boue qui constitue l'essentiel de cet enduit. L'hypochlorite de sodium à 2,5 % est la solution d'irrigation de référence en raison de ses qualités antiseptiques, de son pouvoir organolytique et de son faible coût. Il doit être renouvelé dans le canal à raison d'au moins 1 ml entre chaque passage de lime. L'utilisation d'une solution chélatante en fin de traitement est recommandée, afin d'éliminer la fraction minérale de l'enduit pariétal. La chlorhexidine présente également un intérêt en rinçage final en raison de sa rémanence. Il existe de nombreux dispositifs mécanisés dont l'objectif est d'accroître l'efficacité de la solution d'irrigation en lui donnant la possibilité d'atteindre les zones difficiles d'accès. L'usage des médications temporaires comme l'hydroxyde de calcium est préconisé en interséance afin de créer un environnement favorable à la guérison. Elles sont utilisées en particulier lorsque la préparation canalaire est incomplète, lorsque le canal est impossible à sécher, dans les cas de résorptions radiculaires ou dans les symptomatologies aiguës.