La déficience intellectuelle (DI) se définit comme une limitation significative du fonctionnement mental et du comportement adaptatif survenant avant l'âge de 18 ans. Handicap fréquent, il concerne près de 2 % de la population générale. Ses causes sont diverses mais une origine génétique est incriminée chez plus d'un tiers des patients. Ces dernières années, le développement des techniques d'hybridation génomique comparative a permis d'augmenter le taux de détection d'anomalies chromosomiques chez les patients déficients intellectuels. Plus récemment, la puissance des outils de séquençage à très haut débit a permis des progrès importants dans l'identification des formes monogéniques de déficience intellectuelle, récessives liées à l'X mais également dominantes et récessives autosomiques. Établir un diagnostic étiologique est nécessaire pour préciser le risque de récidive familiale, affiner la prise en charge et préciser le pronostic, mais représente un immense défi eu égard à l'extrême hétérogénéité étiologique des DI et au nombre d'examens complémentaires à mettre en œuvre.