La prise en charge des échantillons tissulaires et cellulaires par un pathologiste dans le cadre de la pathologie infectieuse et tropicale en 2014 nécessite à la fois des connaissances dans le domaine de la pathologie morphologique et de la pathologie moléculaire en incluant la maîtrise : (i) de la taxonomie des maladies infectieuses et tropicales et des différents critères morphologiques conduisant à l’identification des agents pathogènes et (ii) des différentes méthodes complémentaires utilisables sur des échantillons fixés afin de mieux détecter et/ou identifier ces agents pathogènes. Un paradoxe semble exister en France entre la fréquence des lésions infectieuses à diagnostiquer dans un laboratoire d’anatomo-cyto-pathologie (ACP) et la perte progressive de l’expertise des pathologistes dans ce domaine. Certaines raisons pourraient expliquer cette situation, dont l’omniprésence des lésions tumorales à gérer en ACP associée aux nouvelles contraintes de l’immunohistochimie et de la pathologie moléculaire en oncologie. Même si les microbiologistes jouent un rôle incontournable pour l’identification des agents pathogènes et pour définir leur sensibilité aux traitements, un grand nombre de ces agents ne peut être diagnostiqué que par les pathologistes, seuls capables d’apprécier les lésions tissulaires et/ou cellulaires associées évaluant ainsi le rôle pathogène des agents infectieux. Cette revue souligne les enjeux actuels et futurs de la pathologie infectieuse et tropicale pour les pathologistes, notamment en France.

The management of tissues and cellular samples by the pathologists in the infectious and tropical diseases pathology field in 2014 needs a strong knowledge of both morphological and molecular domains which includes the good control: (i) of the taxonomy of infectious and tropical diseases pathology leading to the pathogens identification and (ii) of the ancillary methods which can be used in fixed samples in order to detect or better identify these pathogens. There is a recent paradox in France concerning the frequency of infectious diseases to be diagnosed in pathology laboratories and the progressive loss of pathologist's expertise in this domain. Different reasons could explain this statement including the omnipresence of the tumour lesions to be managed in a pathology laboratory as well as the recent constraints associated with the different biomarkers that are mandatory to be detected by immunohistochemistry and/or by molecular biology. Even if the microbiologists play a pivotal role for identifying the different pathogens as well as for the assessment of their sensitivity to the anti-microbial drugs, a large number of infectious diseases can be diagnosed only on fixed tissue and/or cells by the pathologists. The purpose of this review is to describe the current and future issues of infectious and tropical diseases diagnoses in pathology laboratories, in particular in France.