La place de la chirurgie a considérablement changé ces dernières années en raison du développement de nouveaux traitements médicaux efficaces. Néanmoins, plus de 60 % des patients atteints de maladie de Crohn sont opérés au moins une fois dans leur vie. Les décisions de chirurgie se discutent lors de réunions de concertations multidisciplinaires. Les indications chirurgicales se résument au traitement des complications (sténoses, masses inflammatoires, perforations et fistules symptomatiques) et des échecs du traitement médical. L'approche laparoscopique est actuellement la voie d'abord de choix. La résection iléocæcale est l'intervention la plus couramment réalisée pour les maladies de Crohn du grêle. Le principal objectif est l'épargne intestinale. La résection doit être limitée aux lésions macroscopiques responsables de la symptomatologie. Les strituroplasties ont été proposées comme alternative à la résection intestinale. Leur indication se discute lorsque la résection fait courir le risque d'un grêle court (lésions multiples ou récidive itérative). Le côlon est atteint chez environ un quart des patients. Le but de la prise en charge est de retarder l'iléostomie définitive. La colite aiguë grave représente la principale indication chirurgicale en urgence en cas d'atteinte colorectale. Le traitement consiste en une colectomie subtotale sans remise en circuit de la continuité digestive. En dehors de l'urgence, les indications chirurgicales sont les colites résistantes au traitement médical, les lésions sténosantes symptomatiques ou infranchissables en endoscopie. Les autres indications sont la présence d'une dysplasie ou d'un cancer. En l'absence d'atteinte rectale ou en cas d'atteinte minime, il est licite de faire une colectomie subtotale avec anastomose iléorectale. Dans les autres situations (atteinte sévère, lésions anopérinéales compromettant la fonction sphinctérienne, incontinence), une coloproctectomie avec iléostomie terminale définitive demeure l'intervention de référence. L'alternative à cette intervention, chez des patients sélectionnés, est la coloproctectomie totale avec anastomose iléoanale.