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Diminution de la diversité du microbiote fongique fécal dans les formes familiales de maladie de Crohn révélée par une approche métagénomique haut débit - 05/06/15

Doi : 10.1016/j.mycmed.2015.02.017 
Gautier Hoarau a,  MukherjeePranab b, Corinne Gower-Rousseau c, Jean Frédéric Colombel d, Daniel Poulain a, Mahmoud Ghannoum b, Boualem Sendid a,
a Inserm U995, université Lille 2, Faculté de Médecine H.-Warembourg, Pôle Recherche, CHRU de Lille, Lille, France 
b Center for Medical Mycology, University Hospitals Case Medical Center, Case Western Reserve University, Cleveland, OH, États-Unis 
c Epimad Registry, Epidemiology Unit and LIRIC Inserm 995, Lille University and Hospital, Lille, France 
d Department of Gastroenterology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, États-Unis 

Auteur correspondant.

Resumen

Objet de l’étude

La maladie de Crohn est une pathologie inflammatoire du tube digestif, d’origine multifactorielle qui touche un habitant sur 1000 en France. L’hypothèse la plus communément admise est qu’elle serait liée à une dérégulation de la réaction immunitaire muqueuse vis-à-vis d’un microbiote intestinal déséquilibré (dysbiose) sous l’influence de facteurs environnementaux (tabac, alimentation) et génétiques. La dysbiose bactérienne a été largement évoquée, mais il semblerait que la flore fongique commensale – moins décrite – puisse influencer la sévérité de la maladie. Le but de notre étude est de décrire le microbiote fongique fécal dans les formes familiales de maladie de Crohn.

Matériels et méthodes

Nous avons utilisé une plateforme de séquençage à haut débit (Ion torrent) pour caractériser le microbiote fongique fécal (cible pan-fongique : ITS1) de 12 familles multiplex de Crohn (20 patients et 33 sujets sains apparentés du premier degré), et 4 familles témoins (21 individus sains).

Résultats

Nous avons démontré dans cette étude, que le microbiote fongique des familles témoins était différent de celui des familles multiplex, la diversité fongique étant réduite dans les familles multiplex (sujets malades et sujets sains apparentés). Par ailleurs, l’analyse phylogénétique a montré que la présence de Candida tropicalis était significativement plus importante (p=0,005) chez les malades par rapport à leurs parents sains. Cette augmentation est corrélée à la présence d’ASCA, marqueur diagnostique de la maladie de Crohn (p=0,001, pearson=0,5). De plus nous avons montré qu’il existe chez les patients atteints de la maladie des interactions entre différents genres fongiques, en particulier l’antagonisme entre Saccharomyces et Candida.

Conclusion

La réduction de la diversité fongique fécale est un fait nouveau dans la compréhension de la physiopathologie de la maladie de Crohn. Par ailleurs nos résultats suggèrent fortement l’influence de la flore fongique dans la pathogenèse de la maladie de Crohn. Il semblerait exister des interactions entre les différents représentants de la flore fongique intestinale. Il serait intéressant d’évaluer par la suite les interactions entre bactéries et champignons du microbiote intestinal au cours de la maladie de Crohn.

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Vol 25 - N° 2

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