Plusieurs techniques de PCR quantitatives, permettant l’amplification d’ADN spécifiques de certaines espèces fongiques (qPCR spécifiques), ont été développées et évaluées dans le cadre du diagnostic des Aspergilloses et des Mucormycoses. Cependant, au cours de la démarche diagnostique d’une infection fongique invasive (IFI), plusieurs étiologies peuvent être suspectées et l’utilisation d’une PCR pan-fongique, afin d’identifier un plus large panel d’espèces fongiques à partir de prélèvements profonds, apparaît nécessaire.

Nous avons évalué rétrospectivement la performance d’une puce à ADN pan-fongique, permettant la détection de 25 espèces ou complexes d’espèces fongiques, sur 60 prélèvements profonds congelés (42 biopsies et 18 liquides de ponction), issus de 49 patients chez qui un diagnostic d’IFI avait été documenté. Une PCR (spécifique ou ITS), l’examen direct et/ou la culture étaient positifs dans respectivement 28, 25 et 38 des prélèvements analysés. Pour chacun d’eux, une extraction de l’ADN fongique a été réalisée, puis une cible de l’ADNr a été amplifiée par PCR, enfin les produits de PCR ont été hybridés directement sur la puce. La lecture a été effectuée par un scanner adapté.

L’hybridation des produits de PCR de 23 biopsies sur 42 (55 %) et de 10 ponctions sur 18 testées (55 %) a permis une identification précise de l’espèce fongique. Le diagnostic étiologique des cas analysés d’Aspergillose, de Candidose, de Cryptococcose, et de Mucormycose a été obtenu respectivement dans 67 % (8/12), 63 % (17/27), 50 % (3/6) et 28 % (4/14). Une infection à Scedosporium prolificans a également été diagnostiquée à partir d’une ponction ganglionnaire. Enfin, cette technique a permis d’identifier la présence de 2 espèces fongiques (Candida parapsilosis et Aspergillus fumigatus) au sein d’une même biopsie.

Cette technique permet la détection dans des prélèvements profonds d’un grand nombre d’espèces fongiques responsables d’IFI selon une procédure rapide et de réalisation facile. Toutefois les performances obtenues pour le diagnostic des infections dues à des Mucorales sont insuffisantes, du fait de l’absence d’hybridation de l’ADN des espèces Lichtheimia ramosa et L. corymbifera.