Distinguer la colonisation de la maladie chez des patients avec qPCR positive à Pneumocystis jirovecii en établissant des valeurs de cycle seuil (CT).

Tout échantillon avec qPCR positive a été inclus dans une étude prospective monocentrique entre avril 2008 et octobre 2013. Les antécédents médicaux, les traitements, les données biologiques et la décision clinique ont été colligés. Le gold standard était la décision clinique basée sur la présomption du clinicien à partir des données à sa disposition. La valeur CT était inconnue du clinicien.

L’interprétation des CT a été faite à partir des échantillons de lavage bronchiolo-alvéolaire (LBA). Deux groupes malades (PJP+) et colonisés (PJP−) ont été étudiés en critère principal et deux sous-groupes de patients immunodéprimés (séropositif et séronégatif pour le VIH) ont été étudiés à partir du groupe PJP+ en critère secondaire.

Nous avons inclus et analysé 225 patients avec qPCR positive, dont 166 LBA (53 PJP+ et 113 PJP−). Parmi les 53 PJP+, il y avait 19 VIH et 34 non-VIH. Les patients qPCR+ étaient lymphopéniques (médiane=1000 ; IQR [600 ; 1700]) avec une différence significative entre les patients PJP+ (800 ; IQR [500 ; 1300]) et PJP− (1100 ; IQR [700 ; 1800]), p=0,03. Deux facteurs de risque ont été identifiés en régression logistique : la comorbidité VIH (p=0,037) et un rapport CD4/CD8<0,1 (OR=6,31 ; IC95 % [1,92, 20,76], p=0,002). Le groupe PJP+ avait une charge virale plus élevée que le groupe PJP− (5,71 log10 ; IQR [5,31 log10 ; 5,91 log10] vs 4,73 log10 ; IQR [3,81 log10 ; 5 log10], p=0,01).

Les valeurs CT étaient significativement différentes : les seuils du groupe PJP+ étaient plus bas (28 ; IC95 % [26 ; 30]) que ceux du groupe PJP− (35 ; IC95 % [34 ; 36], p<0,01). De même, les valeurs CT des malades VIH+ étaient plus basses (24,5 ; IC95 % [21,8 ; 27,5]) que celles des malades non-VIH (30,5 ; IC95 % [28,0 ; 32,8]), p=0,004. Nous avons pu déterminer des valeurs CT pour une sensibilité de 80 % et une spécificité de 80 % en fonction de la connaissance du statut sérologique du malade : en cas de statut VIH inconnu ou statut séronégatif, un CT<31 excluait à 80 % une colonisation et un CT>35 excluait à 80 % la pneumocystose. En revanche, pour un statut VIH séropositif un CT<27 confirmait une pneumocystose dans 100 % des cas et un CT>30 excluait une maladie à 80 %. Les survies entre PJP+ et PJP− n’étaient pas significativement différentes alors que la survie entre malades VIH et malades non-VIH était significativement différente (p=0,02) en faveur des patients VIH.

Cette étude a permis d’affiner le diagnostic biologique de pneumocystose par l’obtention de valeur CT en qPCR permettant de distinguer colonisation et maladie chez les patients séropositifs et séronégatifs pour le VIH. Les seuils CT ainsi définis pourront être utilisés par le clinicien comme aide complémentaire au diagnostic de pneumocystose.