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A multiplex PCR method for detection of Aspergillus spp. and Mycobacterium tuberculosis in BAL specimens - 05/06/15

Une méthode PCR multiplex pour la détection d’Aspergillus spp. et de Mycobacterium tuberculosis dans des échantillons de lavage broncho-alvéolaire

Doi : 10.1016/j.mycmed.2015.02.041 
F. Amini a , R. Kachuei b, , F. Noorbakhsh a , A.A. Imani Fooladi c
a Department of biology, Islamic Azad university, Varamin-Pishva branch, Tehran, Iran 
b Molecular biology research center, Baqiyatallah university of medical sciences, Tehran, Iran 
c Applied microbiology research center, Baqiyatallah university of medical sciences, Tehran, Iran 

Corresponding author.

Summary

Objective

The aim of this study was the detection of Aspergillus species and Mycobacterium tuberculosis together in bronchoalveolar lavage (BAL) using of multiplex PCR.

Material and methods

In this study, from September 2012 until June 2013, 100 bronchoalveolar lavage (BAL) specimens were collected from patients suspected of tuberculosis (TB). After the direct and culture test, multiplex PCR were utilized in order to diagnose Aspergillus species and M. tuberculosis. Phenol-chloroform manual method was used in order to extract DNA from these microorganisms. Aspergillus specific primers, M. tuberculosis designed primers and beta actin primers were used for multiplex PCR.

Results

In this study, by multiplex PCR method, Aspergillus species were identified in 12 samples (12%), positive samples in direct and culture test were respectively 11% and 10%. Sensitivity and specificity of this method in comparison to direct test were respectively 100% and 98.8%, also sensitivity and specificity of this method in comparison to culture test were respectively 100% and 97.7%. In this assay, M. tuberculosis was identified in 8 samples (8%). Mycobacterium-positive samples in molecular method, direct and culture test were respectively 6%, 5% and 7%. Sensitivity and specificity of PCR method in comparison to direct test were 80% and 97.8% also sensitivity and specificity of this method in comparison to culture test was 71.4% and 98.9%.

Conclusion

In the present study, multiplex PCR method had higher sensitivity than direct and culture test in order to identify and detect Aspergillus, also this method had lower sensitivity for identification of M. tuberculosis, suggesting that the method of DNA extraction was not suitable.

El texto completo de este artículo está disponible en PDF.

Résumé

Objectif

Le but de cette étude était la détection des espèces d’Aspergillus et Mycobacterium tuberculosis ensemble dans lavage broncho-alvéolaire (BAL) à l’aide de PCR multiplexe.

Patients et méthodes

Dans cette étude, de septembre 2012 jusqu’en juin 2013, 100 lavage broncho-alvéolaire (LBA) ont été prélevés chez des patients suspects de tuberculose. Après l’examen direct et la culture, les PCR multiplexe ont été utilisées pour le diagnostic de l’espèce Aspergillus et M. tuberculosis. Le phénol-chloroforme méthode manuelle a été utilisée afin d’extraire l’ADN à partir de ces micro-organismes. Des amorces spécifiques d’Aspergillus et de M. tuberculosis, et des amorces d’actine bêta ont été utilisés pour PCR multiplexe.

Résultats

Dans cette étude, par la méthode PCR multiplex, les espèces d’Aspergillus ont été identifiées dans les 12 échantillons (12 %), les échantillons positifs dans le test direct et la culture sont respectivement de 11 % et 10 %. La sensibilité et la spécificité de cette méthode par rapport au test direct sont respectivement de 100 % et 98,8 %, également la sensibilité et la spécificité de cette méthode par rapport à la culture sont respectivement de 100 % et 97,7 %. Dans cet essai, M. tuberculosis a été identifié dans 8 échantillons (8 %). Des échantillons de Mycobacterium-positif par la méthode moléculaire, test direct et la culture sont respectivement de 6 %, 5 % et 7 %. La sensibilité et la spécificité de la méthode PCR en comparaison du test direct étaient de 80 % et de 97,8 % la sensibilité et la spécificité de cette méthode par rapport à la culture étaient de 71,4 % et 98,9 %.

Conclusion

Dans cette étude, la méthode PCR multiplexe a une plus grande sensibilité que l’examen direct et la culture afin d’identifier et de détecter Aspergillus, aussi cette méthode a une sensibilité plus faible pour l’identification de M. tuberculosis, pouvant suggérer que la méthode d’extraction de l’ADN n’était pas appropriée.

El texto completo de este artículo está disponible en PDF.

Keywords : Aspergillus, Mycobacterium tuberculosis, BAL, PCR

Mots clés : Aspergillus, Mycobacterium tuberculosis, BAL, PCR


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