La taxonomie et la nomenclature des bactéries anaérobies à Gram négatif ont connu de grands bouleversements et continuent d'évoluer. Les principaux genres et espèces rencontrés en pathologie sont, parmi les bacilles, les Bacteroides, essentiellement ceux appartenant au groupe fragilis, les Fusobacterium avec deux espèces d'isolement fréquent (F. nucleatum et F. necrophorum), les Prevotella (Pr.), les Porphyromonas (Po.) et, pour les cocci, les Veillonella. Ces bactéries sont le plus souvent présentes dans des infections mixtes polymicrobiennes d'origine endogène mais certaines (par exemple B. fragilis, F. necrophorum, Po. gingivalis) possèdent une virulence particulière. La première étape de leur identification repose sur des tests simples et peu coûteux qui permettent une identification présomptive de genre, voire d'espèce. L'identification d'espèce n'est pas toujours requise, elle demande du temps et reste délicate pour de nombreuses souches. La spectrométrie de masse a révolutionné cette identification et l'amélioration des banques de données permet une identification rapide et fiable de la plupart des espèces. La résistance acquise aux antibiotiques touche la plupart des bactéries à Gram négatif. Il s'agit surtout d'une résistance aux bêtalactamines par production de bêtalactamases, ne compromettant pas le plus souvent l'activité de l'association avec des inhibiteurs. C'est parmi les Bacteroides du groupe fragilis que la résistance acquise est la plus inquiétante et nécessite un suivi : inefficacité des inhibiteurs de bêtalactamases, résistance à la clindamycine, aux carbapénèmes et aux imidazolés.