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Le génotypage par spectrométrie de masse MALDI-TOF : principe et applications biologiques - 31/08/15

Doi : 10.1016/j.mycmed.2015.06.005 
Erwan Guichou
 Plateforme génome transcriptome de Bordeaux, Inra Pierroton, 69, route d’Arcachon, 33610 Cestas, France 

Resumen

Depuis quelques années, les marqueurs génétiques de type single nucleotide polymorphism (SNP) ont supplanté les marqueurs microsatellites (motifs répétés de 2 à 10 nucléotides) pour les études de diversité génétique ou l’identification de génotypes. Ces marqueurs SNPs ont de nombreux avantages : ils sont plus fréquents dans le génome, sont plus facilement détectables (en particulier depuis l’émergence des techniques de séquençage nouvelle génération) et leur transférabilité entre laboratoires est excellente. Les techniques classiques de génotypage SNP sont basées, comme le séquençage SANGER ou le génotypage de microsatellites, sur la détection de molécules fluorescentes. Ces techniques, bien que très précises et largement utilisées dans les laboratoires du monde entier, restent assez onéreuses quand un grand nombre de marqueurs doit être étudié. Il est cependant possible de faire du génotypage de SNPs à moyen/haut-débit en utilisant non pas la fluorescence mais la spectrométrie de masse dite MALDI-TOF. Cette technologie repose une PCR classique couplée à une extension d’amorce et sur un spectromètre utilisant une source d’ionisation laser assistée par une matrice (MALDI=matrix-assisted laser desorption/ionisation) et un analyseur à temps de vol (TOF=time-of-flight). C’est la masse de chaque produit d’extension qui est mesurée et elle est directement liée à la séquence nucléotidique, donc aux différents allèles au niveau du SNP. Cette technologie, initialement utilisée pour les diagnostics médicaux (cancer, diagnostic prénatal), est de plus en plus utilisée dans les laboratoires de recherche, car elle permet de génotyper jusqu’à 40 SNPs simultanément sur des puces de 384 échantillons en moins de 2jours. La plateforme génome transcriptome de Bordeaux utilise cette technologie en routine sur différents organismes (animal, végétal, bactérie, champignon) pour identifier des espèces, établir des cartes génétiques, caractériser des mutations d’intérêts ou pour des études de génétique des populations. Elle présente en outre l’avantage d’être très tolérante à la qualité et la quantité d’ADN, ce qui en fait une technique de choix pour l’étude d’ADN anciens ou dégradés, et pour l’étude d’organismes réputés réfractaires aux analyses moléculaires classiques.

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Vol 25 - N° 3

P. 218 - septembre 2015 Regresar al número
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