Nous avons observés des cas groupés de mucormycoses invasives cutanées à Mucor circinelloides (identification polyphasique avec séquençage des loci ITS, 28S et RPB1) sur une période de 3ans impliquant 5 patients dans notre centre de traitement des brûlés (hôpital Saint-Louis). À cette occasion, nous avons étudié :

– la valeur de la PCR Mucorales dans le plasma pour le diagnostic de mucormycose cutanée ;

– avons séquencé le génome complet de 24 souches pour tenter de comprendre la transmission de cette espèce dans le service.

(i) Soixante-deux prélèvements sanguins réalisés chez 9 patients brûlés hospitalisés dans des centres spécialisés (5 de l’hôpital Percy et 4 de l’hôpital Saint-Louis) ont été rétrospectivement analysés. Six patients ont présenté une mucormycose cutanée invasive prouvée (due à M. circinelloides et Lichtheimia corymbifera). Trois n’ont présenté qu’une colonisation (une culture positive sur un prélèvement sans caractère invasif) à M. circinelloides et Rhizopus microsporus. (ii) Nous avons sélectionné des isolats cliniques et environnementaux M. circinelloides provenant de 2 hôpitaux (hôpital Percy et hôpital Saint-Louis) et séquencé le génome complet de 24 souches utilisant le NExtSeq 500 (Illumina), réalisé un assemblage de novo et aligné les génomes au génome de référence (M. circinelloides, F. circinelloides 1006PhL).

(i) Les prélèvements des patients colonisés étaient tous PCR négatifs dans le sérum contrairement aux patients atteint de mucormycose invasive où au moins un prélèvement était PCR positif. La positivité des PCR sériques était toujours antérieure au diagnostic microbiologique (microscopie ou culture) avec une médiane de 4jours [1–9]. (ii) Un total de 673 000 positions polymorphiques a été observé sur les 24 souches. Les analyses phylogénétiques ont permis de mettre en évidence trois groupes génétiques hautement divergents. Le groupe 3 contenait au moins un isolat des patients concernés par l’épidémie de l’hôpital Saint-Louis et un couple de souches de l’hôpital Percy. Dans chaque hôpital, deux souches identiques ont été isolées de 2 patients différents. Un patient était infecté par 3 souches appartenant au groupe 3 et un patient par 2 souches du groupe 2 et une du groupe 3.

Cette épidémie a permis de mettre en évidence que :

– la PCR Mucorales sur sérum pouvait permettre d’anticiper le diagnostic microbiologique chez les patients brûlés ;

– que la transmission de souche ne concernait que 2 sur les 5 patients et que la source probable était probablement composée d’un mélange de plusieurs souches génétiquement distinctes.

La source n’a à ce jour toujours pas été mise en évidence.