Analyse de la technique de dépôt et de la valeur des scores pour les levures et filamenteux en identification MALDI-TOF - 31/08/15
Resumen |
L’objectif de l’étude est d’évaluer les différentes méthodes de dépôts des échantillons et les différentes valeurs seuils du score prises en compte lors de l’identification MALDI-TOF de levures ou de champignons filamenteux.
Nous avons étudié 235 souches du CHV dont 169 Candida sp. parmi elles 60 (26 %) C. albicans, 42 (18 %) C. glabrata ; et 38 souches d’Aspergillus dont 24 (10 %) A. fumigatus. Après culture sur les milieux usuels, 4 dépôts ont été réalisés pour chaque souche : 1er : gros dépôt, 2e : dépôt par épuisement, 3e : gros dépôt avec acide formique et 4e : dépôt par épuisement avec acide formique. Les souches ont été identifiées par utilisation du spectromètre de masse Microflex (Bruker®) Le pourcentage d’identifications correctes a été évalué pour des valeurs limites de 2,0, 1,7 et 1,5. L’analyse a été jugée correcte quand elle était concordante avec la couleur sur chromagar® ou l’identification en Vitek2® pour les levures ou la méthode du drapeau pour les champignons filamenteux. L’analyse statistique a été réalisée par un test exact de Fisher.
Sur les 235 souches, parmi les identifications obtenues, lorsqu’on abaisse la valeur limite d’identification de 2,0 à 1,7 voire 1,5 il y a une augmentation significative de la quantité de bonnes identifications (p<0,05) sans pour autant augmenter significativement la quantité d’erreurs (p>0,05). Pour les 169 Candida sp., le meilleur pourcentage d’identification est obtenu avec des dépôts traités avec l’acide formique (n=138/161 et 117/156), ou alors lors des dépôts par épuisement (107/165). Et si on abaisse le seuil de 2,0 à 1,5 le nombre d’identifications exactes augmente (p<0,05) et le nombre de non identifications et les erreurs diminue (p<0,05). Sur 38 souches d’Aspergillus testées, si les variations vont dans le même sens, les différences ne sont pas significatives.
Pour les Candida sp., il pourrait être intéressant d’abaisser le seuil d’acceptabilité du résultat à 1,7 voire 1,5. Pour Aspergillus, une étude sur un plus grand nombre de souches est nécessaire.
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Vol 25 - N° 3
P. 231 - septembre 2015 Regresar al número
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