L'endoscopie de prévention et de dépistage suppose que le patient soit asymptomatique et à risque de cancer du fait de facteurs familiaux et parfois génétiques ou du fait d'une situation à risque consécutive à des comorbidités et mode de vie. Cette situation pour le dépistage se présente aussi bien pour l'endoscopie digestive haute ou œsogastroduodénoscopie, que pour celle par voie basse ou coloscopie ; certaines situations particulières peuvent même faire appel à l'endoscopie de l'intestin grêle ou à la surveillance pancréatique. Enfin, la place de l'endoscopie haute et basse préventive ou de première ligne n'est actuellement pas recommandée, sauf en cas de demande du patient avec information des avantages et inconvénients ou aléas, au mieux lors d'une première consultation et souhait réitéré ou confirmé lors d'une seconde consultation demandée par le patient après réflexion et adhésion.