On distingue trois niveaux de désinfection : la stérilisation pour les dispositifs médicaux critiques ; la désinfection de haut niveau pour les dispositifs médicaux critiques thermosensibles pénétrant des cavités stériles ; la désinfection de niveau intermédiaire (bactéricide, fongicide, virucide et mycobactéricide) pour les dispositifs médicaux semi-critiques que sont les endoscopes souples pénétrant dans les cavités naturelles non stériles (endoscopie digestive). La mise sur le marché d'enceintes de stockage d'endoscopes thermosensibles offre une maîtrise des conditions de stockage optimales et permet un allongement de la durée de stockage après entretien au-delà du délai des 12 heures imposant une nouvelle désinfection, et une disponibilité des endoscopes 24 heures sur 24 avec validation des traçabilités de stockage. Le nombre de salles d'endoscopie doit être adapté aux nombres annuels d'endoscopies et il est préconisé de disposer d'une salle pour la réalisation de 2000 actes par an en moyenne (hors salle interventionnelle). À partir de données d'enquête et auditées auprès des différents fabricants, il semble légitime de préconiser le renouvellement d'un endoscope tous les 1500 à 2000 examens. D'après le Centre national d'expertises hospitalières, selon leur indice de risque, le coût maximal d'exploitations d'un endoscope ne doit pas excéder deux fois le prix d'achat de celui-ci. Un laveur désinfecteur avec monocuve doit être recommandé pour la réalisation de 1000 à 1500 actes par an. Le matériel d'instrumentation pour endoscopie doit permettre la préhension, l'injection, l'hémostase, la dilatation, la coagulation et la section au niveau de la paroi digestive. Le matériel d'instrumentation mis à disposition doit correspondre au niveau d'activité de chaque plateau technique d'endoscopie qui peut être schématiquement classé selon trois niveaux : niveau 1 : tout centre d'endoscopie pratiquant l'endoscopie œso-gastro-duodénale et la coloscopie ; niveau 2 : centre pratiquant en plus l'endoscopie biliopancréatique ; niveau 3 : centre pratiquant la dissection sous-muqueuse.