La présence dans le sérum d'autoanticorps spécifiques est un élément important dans le diagnostic des maladies auto-immunes du foie, en particulier les hépatites auto-immunes et la cirrhose biliaire primitive. Leur positivité est expliquée par l'intervention des mécanismes auto-immuns dans la pathogénie et l'entretien des lésions hépatiques, bien que celles-ci semblent surtout secondaires à une réaction immunitaire de type cellulaire. Leur détection se fait par immunofluorescence indirecte sur coupes congelées de foie/rein/estomac de rat qui reste la technique de choix en première intention, mais qui nécessite cependant une technique de confirmation. Deux autoanticorps permettent le diagnostic de la cirrhose biliaire primitive : les autoanticorps antimitochondries de type 2 et les autoanticorps anti-gp210 des pores nucléaires. L'hépatite auto-immune de type 1 se caractérise par la présence d'autoanticorps antinucléaire, antimuscle lisse de spécificité anti-actine et anti-soluble liver antigen (SLA). Certains autoanticorps sont des marqueurs de sévérité (anti-SLA, anti-gp210, antirécepteurs à l'asialoglycoprotéine), d'autres peuvent être utiles en suivi de traitement (anti-liver kidney microsome [LKM1], anti-liver cytosol [LC1]). Cependant, leur présence ne signifie pas nécessairement l'existence d'une hépatopathie auto-immune. Ils peuvent également s'observer dans des pathologies hépatiques non auto-immunes telles que les hépatites médicamenteuses, les cancers, les hépatites virales ou lors d'un rejet d'allogreffe hépatique. L'hépatite virale C, qui s'accompagne fréquemment de désordres immunitaires non spécifiques et parfois de phénomènes d'auto-immunité, représente maintenant du fait de la fréquence de la maladie, la première étiologie à l'origine d'autoanticorps en pathologie hépatique. La plupart des autoanticorps rencontrés dans les maladies auto-immunes peuvent apparaître dans les hépatites virales C. Les plus fréquents sont les autoanticorps antimuscle lisse (non actine) et les autoanticorps antinucléaires.