Les traitements médicamenteux de l'endométriose sont hormonaux conventionnels (estroprogestatifs, progestatifs, agonistes de l'hormone libérant les gonadotrophines [GnRH], danazol), hormonaux innovants (antiaromatases, modulateurs sélectifs des récepteurs à la progestérone) ou non hormonaux (anti-inflammatoires, inhibiteurs des métalloprotéases, de l'angiogenèse, statines, plantes médicinales chinoises). Parmi eux, seuls les estroprogestatifs, les micro- et macroprogestatifs, les agonistes de la GnRH et le danazol ont montré leur efficacité s'ils étaient administrés dans la durée. En l'absence d'essais thérapeutiques au sein de chaque classe, il n'est pas possible de privilégier une molécule plutôt qu'une autre. Les (estro)progestatifs, mieux tolérés que le danazol et les agonistes de la GnRH prescrits sans hormonothérapie de substitution, doivent être privilégiés en première intention. En cas d'endométriose superficielle non traitée ou au décours de son traitement chirurgical, un traitement par estroprogestatifs en mode continu plutôt que séquentiel ou par macroprogestatifs est indiqué. En cas d'échec du traitement (estro)progestatif par voie orale, de mauvaise observance ou de contre-indications, la mise en place d'un système intra-utérin au lévonorgestrel, l'injection d'agonistes de la GnRH ou un traitement par danazol (plutôt par voie vaginale) peuvent être envisagés. En cas d'endométriose profonde, un traitement médical préopératoire est proposé en l'absence de désir immédiat de grossesse. Les agonistes de la GnRH peuvent être utilisés d'emblée, mais n'ont pas fait la preuve d'une plus grande efficacité que les (estro)progestatifs. Après chirurgie d'une endométriose profonde ou d'un endométriome, les estroprogestatifs ou les macroprogestatifs permettent de diminuer les risques de récidive. Tous ces traitements sont contraceptifs et doivent être poursuivis en l'absence de désir de grossesse, à l'exception des agonistes de la GnRH dont la prescription (sans hormonothérapie de substitution) est limitée à six mois. En cas de désir de grossesse, seuls les anti-inflammatoires non stéroïdiens sont indiqués dans le traitement de la douleur associée à l'endométriose.