L'hypospade est l'anomalie congénitale la plus fréquente de l'urètre pénien. Sa sévérité dépend du niveau de division du corps spongieux et du degré d'hypoplasie des tissus formant la face ventrale de la verge qui en découle. La position du méat urétral est un critère insuffisant pour définir la sévérité d'un hypospade. La courbure ventrale, souvent associée à l'hypospade, est la conséquence de l'hypoplasie ventrale de la verge. Les valves de l'urètre postérieur sont l'anomalie d'écoulement des urines la plus grave et représentent une urgence uronéphrologique de la période néonatale. Elles imposent un drainage vésical en urgence soit à l'aide d'une sonde urétrale posée par le chirurgien, soit par un cathéter sus-pubien. À j1 de vie, le diagnostic des valves de l'urètre postérieur est posé grâce à l'échographie et la cystographie rétrograde qui mettent en évidence une dilatation de l'urètre postérieur et le retentissement sur la vessie et les voies urinaires. Un suivi biologique des fonctions rénales est essentiel dès les premières heures de vie. Les anomalies acquises de l'urètre du garçon sont le plus souvent traumatiques par un sondage ou par une circoncision mal réalisés. Fausses routes urétrales, fistules ou sténoses en sont les conséquences. L'urétrocystoscopie permet de confirmer ces diagnostics.