Les manifestations respiratoires sont une cause importante de morbidité et de mortalité chez les immunodéprimés non infectés par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) qui constituent un groupe très hétérogène de patients. Elles sont largement dominées par les pneumopathies infectieuses dont les germes potentiellement responsables varient en fonction du type d'immunodépression, lui-même lié à la pathologie sous-jacente et à ses traitements. Moins fréquentes mais non rares, les causes iatrogènes doivent être systématiquement évoquées. Enfin, une complication pulmonaire non spécifique (surcharge vasculaire, maladie thromboembolique, néoplasie, etc.) ou une atteinte respiratoire spécifique de la maladie sous-jacente sont également possibles. Ainsi, la grande diversité des profils d'immunodépression, les multiples étiologies potentielles et leur possible association justifient une démarche diagnostique rigoureuse. Celle-ci repose sur l'analyse précise du contexte et des données du scanner thoracique et sur les résultats des tests non invasifs et des différents examens effectués sur les prélèvements respiratoires, souvent obtenus lors d'une endoscopie bronchique avec lavage bronchoalvéolaire (LBA). Cela permet souvent d'identifier, directement ou non, un ou des agents infectieux potentiellement responsables ou d'orienter le diagnostic vers une origine non infectieuse. En l'absence de confirmation du diagnostic ou, surtout, en cas d'évolution défavorable sous traitement, il faut savoir renouveler et/ou élargir les investigations en envisageant parfois des prélèvements invasifs tels qu'une biopsie pulmonaire. Le pronostic de ces atteintes respiratoires, parfois sombre, dépend en partie de la rapidité du diagnostic et de l'instauration du traitement adéquat.