De nombreux symptômes en gastroentérologie, non encore expliqués par une anomalie objective, anatomique, histologique ou physiologique, sont regroupés sous l'intitulé « troubles fonctionnels digestifs ». La physiopathologie de ces symptômes fonctionnels, probablement multifactorielle, reste mal comprise. Les tests respiratoires à l'hydrogène sont utilisés comme aide diagnostique pour les patients présentant des symptômes digestifs de type douleurs, ballonnements ou diarrhées chroniques, à la recherche soit d'une pullulation microbienne intestinale, soit d'une « intolérance » (maldigestion ou malabsorption) à différents hydrates de carbone. Cet article s'attache à décrire les principaux tests respiratoires à l'hydrogène, leurs indications et leurs limites méthodologiques.