Outre des infections digestives bactériennes (par exemple Campylobacter), parasitaires (par exemple Giardia) ou virales (par exemple entérovirus, norovirus), les déficits immunitaires primitifs (DIP), qu'ils touchent l'immunité innée ou l'immunité adaptative cellulaire ou humorale, peuvent se compliquer de manifestations digestives inflammatoires, auto-immunes et néoplasiques. Les plus fréquentes concernent les déficits de l'immunité humorale (hypogammaglobulinémie), notamment le déficit immunitaire commun variable (DICV). Ainsi, dans le DICV, sont décrits des cas de gastrite atrophique (mimant une maladie de Biermer) et des cas d'atrophie villositaire (mimant une maladie cœliaque), mais qui se distinguent par l'absence de plasmocytes dans le chorion sur les biopsies, la présence inconstante des autoanticorps et le plus souvent l'inefficacité du régime sans gluten. Une hyperplasie nodulaire lymphoïde est souvent constatée, pouvant évoluer vers un lymphome. Des phénotypes de maladies inflammatoires chroniques (MICI) sont également observés, mais l'absence de plasmocytes dans le chorion distingue cette colite des MICI classiques. Une granulomatose, mimant une sarcoïdose, est parfois identifiée. Le foie est également touché, soit par une infection, soit par un processus granulomateux, un lymphome et/ou une hyperplasie nodulaire régénérative à l'origine d'une hypertension portale le plus souvent sans insuffisance hépatique. Le traitement substitutif par immunoglobulines polyvalentes n'a que peu d'efficacité sur ces manifestations digestives. Des manifestations digestives sont aussi observées dans les déficits de l'immunité cellulaire tels que les déficits combinés sévères (diarrhées surtout infectieuses, atrésies intestinales, sténoses), ou le syndrome d'IPEX (immunodéficience, polyendocrinopathie, entéropathie, transmission liée à l'X - diarrhée sévère par entéropathie auto-immune). Enfin, la maladie granulomateuse septique (déficit de la phagocytose) se caractérise par des lésions granulomateuses qu'on peut trouver de la cavité orale jusqu'au côlon, des atteintes digestives mimant la maladie de Crohn et des abcès hépatiques récurrents, parfois persistants. Toutes ces manifestations digestives peuvent être à l'origine d'une véritable entéropathie chronique responsable, dans ses formes les plus sévères et les plus étendues, d'une malabsorption, d'une malnutrition et, chez les jeunes patients, d'un défaut de croissance. Dans tout DIP, il est recommandé de faire un bilan nutritionnel initial incluant la mesure de l'indice de masse corporelle, le dosage de l'albumine et de la préalbumine.