Il termine di microbiota intestinale si riferisce alle comunità di microrganismi che risiedono o che transitano nel tratto digestivo. I ruoli principali in fisiologia e patologia sono stati appena scoperti grazie a strumenti di biologia molecolare e a trasferimenti del microbiota negli animali. Le sue funzioni sono, per molti, benefiche (simbiosi): effetto di barriera contro gli agenti patogeni, immunomodulazione, metabolismi diversi e azioni sulla troficità, sulla permeabilità e sulla motilità intestinali. Comprendiamo sempre meglio i meccanismi ecologici dei suoi squilibri (disbiosi). La disbiosi, a volte molto specifiche, si osservano durante i disturbi digestivi legati agli antibiotici, in caso di intestino irritabile e di malattie infiammatorie intestinali, ma anche nel decorso di malattie extradigestive. La manipolazione del microbiota a scopi curativi o preventivi è possibile utilizzando microrganismi probiotici, substrati prebiotici o il trapianto di microbiota fecale. L'automedicazione è frequente in questo ambito, ma le applicazioni mediche di questi recenti progressi non sono ancora numerose e i medici prescrittori devono mantenere il rigore della medicina basata sull'evidenza.