La presenza nell'intestino tenue di un numero anormalmente elevato di alcuni batteri può essere associata a sintomi digestivi ed eventualmente extradigestivi, situazione chiamata colonizzazione batterica cronica dell'intestino tenue (o Small Intestinal Bacterial Overgrowth [SIBO] in inglese). Ben descritta in rari pazienti con stasi intestinale (in particolare a causa di interventi chirurgici o di gravi disturbi motori dell'intestino), questa situazione potrebbe spiegare anche parte dei sintomi del colon irritabile o del “cervello annebbiato”, e questo è dibattuto tra gli specialisti. La diagnosi di questa disbiosi è difficile da dimostrare, perché i test diretti su campioni di fluido intestinale sono difficili e i test indiretti (soprattutto test respiratori al glucosio e al lattulosio) imperfetti nella loro sensibilità e nella loro specificità. Quando la causa non è curabile, gli antibiotici sono quasi sempre gli unici trattamenti convalidati, ma con un basso livello di evidenza. Nei casi difficili, è utile il consiglio di uno specialista, piuttosto che prescrivere trattamenti ecologici probabilistici a lungo termine.