Les pyélonéphrites aiguës compliquées (PNA secondaires) peuvent apparaître d'emblée ou au cours de l'évolution d'une PNA. Les différentes formes de complications sont les abcès du rein, l'abcès périnéphrétique, la pyonéphrose, la pyélonéphrite emphysémateuse, la pyélonéphrite xanthogranulomateuse, la malacoplasie rénale et la pyélonéphrite chronique. Les tableaux cliniques sont variables, allant de la douleur lombaire au choc septique. Le diagnostic repose le plus souvent sur le scanner injecté. L'évolution des formes compliquées est toujours grave en l'absence de traitement. La prise en charge, souvent urgente, est médicale par antibiothérapie adaptée et mesures de réanimation, parfois associée à un traitement chirurgical spécifique.