Le complicanze craniche ed endocraniche delle sinusiti acute sono gravate da un tasso di mortalità e di sequele non trascurabile. Devono essere ricercate davanti alla comparsa di qualsiasi segno neurologico in un paziente con sinusite acuta o di una cefalea che evolve in due fasi (cefalea localizzata che migliora inizialmente prima di peggiorare e diventare più diffusa). I seni frontali e sfenoidali sono quelli il più delle volte coinvolti. La TC dei seni e dell'encefalo con iniezione di mezzo di contrasto è l'esame di prima intenzione; può essere poi completata dalla risonanza magnetica (RM) cerebrale. Il trattamento, aggressivo, si basa solitamente sul drenaggio del seno colpito e su una terapia antibiotica ad ampio spettro, adattata in base ai prelievi batteriologici. A volte viene proposto un gesto endonasale, ma questo deve, se possibile, rimanere limitato, a causa del rischio di incidente iatrogeno in un contesto emorragico e infiammatorio. In alcune situazioni, deve essere eseguito anche il drenaggio neurochirurgico delle raccolte profonde. In tutti i casi, il miglioramento clinico deve essere raggiunto entro le 48 ore: in caso contrario, gli esami devono essere ripetuti e deve essere discusso un gesto complementare. Le sinusiti fungine invasive, in primis la mucormicosi, costituiscono un'entità separata. Devono essere prese in considerazione in presenza di qualsiasi sintomo di rinosinusite in un paziente immunocompromesso. Il loro trattamento prevede la correzione massima dell'immunodepressione, lo sbrigliamento ripetuto dei tessuti infetti e la somministrazione di antimicotici sistemici.