Le manifestazioni respiratorie sono una causa fondamentale di morbilità e di mortalità nei pazienti immunodepressi. Le cause infettive predominano e gli agenti responsabili variano in funzione del terreno e della patologia sottostante. Meno frequenti, le cause iatrogene devono essere sospettate in funzione dei trattamenti somministrati. Alcune manifestazioni come le bronchioliti obliteranti e le polmoniti organizzate si riscontrano soprattutto nei pazienti trapiantati. Infine, è anche possibile, come in tutti i pazienti, una complicanza polmonare non specifica (sovraccarico vascolare, tumore...). La diversità delle eziologie e la loro eventuale associazione impongono, nella maggior parte dei casi, a volte in urgenza, la realizzazione di un'endoscopia con lavaggio broncoalveolare (LBA) che consentirà di orientare la diagnosi o di evidenziare l'agente infettivo causale. In assenza di un orientamento diagnostico possono talora rivelarsi necessari dei prelievi istologici (biopsie bronchiali, transbronchiali, transparietali). La prognosi dipende in parte dalla rapidità della diagnosi e dell'inizio del trattamento adeguato.