La fréquence des infections respiratoires fongiques a augmenté ces dernières années. Leur diagnostic s'est amélioré par les récentes données épidémiologiques, les avancées radiologiques de la tomodensitométrie et le développement des méthodes mycologiques telles que les antigénémies. Aspergillus spp. reste la première étiologie. Il est responsable de tableaux cliniques variés, de mécanismes physiopathologiques différents. Il s'agit d'aspergillome par colonisation de cavités pulmonaires préexistantes, d'aspergillose pulmonaire invasive, infection souvent mortelle chez des patients immunodéprimés, d'aspergillose pulmonaire chronique nécrosante. D'autres champignons filamenteux, zygomycètes, Scedosporium spp., Fusarium spp. peuvent être responsables d'infections d'aspect radioclinique similaire à l'aspergillose pulmonaire invasive. Le diagnostic mycologique est indispensable pour orienter le traitement antifongique. Les candidoses pulmonaires sont plus rares, souvent d'origine hématogène, mais sont de diagnostic difficile en l'absence de candidémie. Cryptococcus neoformans et Pneumocystis jirovecii restent des agents opportunistes à rechercher chez l'immunodéprimé, infecté ou non par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH). Les triazolés, les amphotéricines B, la caspofungine sont les traitements des infections à filamenteux et à Candida spp., le triméthoprime-sulfaméthoxazole est le traitement pour les pneumocystoses, les amphotéricines B, la 5-fluorocytosine et le fluconazole sont utilisés pour les cryptococcoses.