La présence dans le sérum d'autoanticorps spécifiques est un élément important dans le diagnostic des maladies auto-immunes du foie que sont les hépatites auto-immunes de types I et II, la cirrhose biliaire primitive et la cholangite sclérosante primitive. Leur positivité est expliquée par l'intervention des mécanismes auto-immuns dans la pathogénie et l'entretien des lésions hépatiques, bien que celles-ci semblent surtout secondaires à une réaction immunitaire de type cellulaire. Les hépatites virales (principalement hépatite C), médicamenteuses, ainsi que les rejets d'allogreffe hépatique, autres causes de détection d'autoanticorps, sont également abordés.