La malattia di Crohn si complica frequentemente con lesioni anorettali e perineali, l'incidenza delle quali viene diversamente valutata in letteratura. La loro presenza costituisce sempre una complicazione seria, perché le ripercussioni sulla qualità della vita sono importanti. Accanto a lesioni infiammatorie diffuse e a lesioni primarie quali ulcere, ragadi e pseudomarische con indicazione al trattamento essenzialmente medico, si dovranno identificare le complicanze secondarie, con indicazione al trattamento misto medicochirurgico. Il chirurgo interviene in urgenza per evacuare un ascesso e, di solito, per posizionare un setone, visto che una fistolotomia comporterebbe un rischio troppo elevato di incontinenza da sezione dello sfintere. Il chirurgo può anche intervenire in caso di complicanze croniche. Una fistola anorettale su malattia di Crohn può essere trattata con un drenaggio a setone di lunga durata quando il tramite è altoposto o con fistolotomia secondaria nel caso in cui il tramite sia transsfinterico o bassoposto, sottocutaneo. Le recidive richiedono spesso una consulenza specialistica per valutare l'indicazione a un lembo da abbassamento rettale, all'iniezione di colla biologica, all'inserimento di un plug o anche, seppur più raramente, a un lembo di Martius o a una graciloplastica. La stenosi rettale o anale richiede dilatazioni ripetute e poi, in caso di recidiva, una plastica la cui indicazione è, anche qui, compito dello specialista. In certi casi di malattia di Crohn avanzata si deve saper proporre al paziente una stomia temporanea, ma anche, nel caso in cui le lesioni vengano giudicate irreversibili, un'amputazione addominoperineale. Il carattere cronico e invalidante della lesione, al pari della molteplicità dei trattamenti chirurgici esistenti per la medesima lesione, spingono a coinvolgere il paziente stesso nella presa in carico, che sarà comunque di tipo medicochirurgico. Una stomia associata al proseguimento del trattamento con immunosoppressori e anti-tumor necrosis factor ⍺, permette talvolta di ottenere una miglior qualità della vita rispetto a quella ottenuta con ripetuti interventi in anestesia generale.