Cryptosporidiose et cyclosporose sont deux parasitoses émergentes dues à des protozoaires intracellulaires qui décrivent leur cycle dans les entérocytes, et sont responsables de diarrhée ou de gastroentérite. En règle spontanément résolutives chez les sujets bien portants, ces infections sont souvent sévères et prolongées chez les patients immunodéprimés. La cryptosporidiose humaine est une infection cosmopolite. Elle est le plus souvent due à Cryptosporidium hominis, parasite spécifique de l'homme, et à C. parvum, parasite des mammifères d'élevage. Mais d'autres espèces parasites d'oiseaux (C. meleagridis), du chat (C. felis), ou de divers animaux (chien, porc) peuvent être impliquées. De nombreuses épidémies de cryptosporidiose à transmission hydrique ont été décrites dans les années 1990-2000 y compris en France. La cyclosporose humaine est due à Cyclospora cayetanensis. Aucun réservoir animal n'est formellement démontré pour cette espèce. La maladie est endémique dans de nombreux pays en développement des régions tropicales et subtropicales, en particulier en Amérique latine, aux Caraïbes et en Asie. Dans les pays industrialisés, la cyclosporose est diagnostiquée chez des voyageurs au retour d'une zone d'endémie ou après consommation d'aliments importés d'une région endémique. Les aliments contaminés (fruits, salades) représentent en effet le principal vecteur de contamination lors d'épisodes épidémiques. Le diagnostic de laboratoire de ces deux parasitoses nécessite des techniques d'identification spécifiques et suppose donc un dialogue entre clinicien et biologiste. Chez les patients infectés par le VIH, la reconstitution immunitaire par une multithérapie antivirale est l'approche la plus efficace pour prévenir ou contrôler la cryptosporidiose. Le traitement anti-infectieux de première intention repose actuellement sur le nitazoxanide au cours de la cryptosporidiose, et sur l'association triméthoprime-sulfaméthoxazole au cours de la cyclosporose. Mais la sévérité de ces deux infections parasitaires chez les patients immunodéprimés, et le risque épidémique d'origine hydrique ou alimentaire, soulignent l'importance de mesures individuelles et collectives de prévention.