Sotto questo titolo si indicano lesioni disembrioplasiche benigne che si sviluppano su residui embrionari non neuroepiteliali, abnormemente inclusi nel tubo neurale durante le prime settimane di vita intrauterina. Sono comprese le cisti epidermoidi, le cisti dermoidi, i lipomi, le cisti neuroenteriche, le cisti della tasca di Rathke, i craniofaringiomi e i teratomi. Ad eccezione di teratomi e craniofaringiomi, queste lesioni sono da differenziare dai tumori propriamente detti poiché la loro evoluzione segue la crescita generale e il loro aumento di volume è dovuto all'accumulo di secrezioni o di prodotti di desquamazione. Anche se si tratta di patologie congenite, esse di solito sono scoperte in età adulta (eccetto i craniofaringiomi e i teratomi) per una sintomatologia variabile secondo la sede o a volte in modo occasionale. Gli esami neuroradiologici (TC e RM) portano spesso alla diagnosi. Il trattamento, quasi esclusivamente di tipo chirurgico, è molto raramente indicato nei lipomi, mentre è la regola nelle altre forme ma solo quando sono sintomatiche. La radioterapia e la chemioterapia intracistica sono a volte utilizzate per il trattamento dei craniofaringiomi.