Les techniques de marquage épidémiologique permettent de caractériser et de comparer des souches appartenant à une même espèce. Elles sont fréquemment utilisées, d'une part, pour l'investigation d'épidémies et, d'autre part, pour étudier les structures de populations bactériennes. Les techniques de marquage épidémiologique doivent être évaluées vis-à-vis de plusieurs critères : typabilité, reproductibilité, pouvoir discriminant, stabilité, efficience. Le choix d'une méthode dépend des objectifs poursuivis (épidémiologie interventionnelle ou surveillance globale) et de l'espèce bactérienne à typer.