Le prescrizioni di antibiotici sono tra quelle più frequenti, mentre i meccanismi di resistenza batterica non cessano di moltiplicarsi. Le conseguenze sono estremamente importanti: ogni terapia antibiotica deve essere efficace, mirata e rispettare al meglio l'ecologia batterica, il che implica che deve essere ragionata e giustificata. La giustificazione della terapia antibiotica si basa su tre criteri: la definizione del sito infetto, quella del o dei germi ritenuti responsabili dell'infezione e quella del contesto clinico in cui compare questa infezione. La scelta della terapia antibiotica dipende, allora, dalla farmacocinetica delle diverse molecole, dal loro spettro di attività e dalla loro tossicità. Non dovrebbero esserci più i problemi legati a prescrizioni alla cieca con ampia copertura che partecipano alla selezione dei batteri resistenti della flora commensale. La buona pratica della prescrizione degli antibiotici passa necessariamente per un uso razionale basato sull'analisi dell'infezione da trattare, la considerazione del contesto clinico, la conoscenza delle molecole utilizzate, l'epidemiologia batterica e la comprensione dei meccanismi e dell'evoluzione dei profili di resistenza.