Contrariamente all'orecchio interno membranoso di origine ectoblastica, l'orecchio medio è di origine entoblastica e si presenta, all'inizio, come un diverticolo dell'intestino primitivo anteriore sviluppato a partire dalla prima sacca entobranchiale. Questo diverticolo viene a interporsi tra l'orecchio interno e l'orecchio esterno. Esso includerà gli ossicini di origine mesoblastica e verrà a contatto con il condotto uditivo esterno, per formare la membrana timpanica. In linea generale, tutte le strutture dell'orecchio medio, così come quelle dell'orecchio esterno, derivano dall'apparato branchiale, la cui formazione è ricordata succintamente. È, in seguito, descritta la formazione delle cavità e delle pareti dell'orecchio medio, della catena degli ossicini e del timpano, così come sono elencate le principali malformazioni congenite dell'orecchio medio. Infine, si sottolinea l'apporto recente della genetica nello studio delle sindromi malformative dell'orecchio medio.