Théoriquement, ce sont uniquement les examens macroscopiques et microscopiques de la pièce d'exérèse, et éventuellement ceux du liquide de ponction de la larve, qui permettent de confirmer un diagnostic de cysticercose ou de cénurose fortement suspecté, dans un contexte épidémiologique favorable, devant une sérologie, une antigénémie, ou une antigénorachie positives, ou des signes cliniques évocateurs, comme la survenue d'une crise d'épilepsie, d'une exophtalmie, d'une baisse de l'acuité visuelle, ou encore la présence d'une ou plusieurs petites tuméfactions sous-cutanées. En pratique, la tomodensitométrie (TDM), et surtout l'imagerie par résonance magnétique (IRM), beaucoup plus performante dans les neurocysticercoses à localisations ventriculaires, sous-arachnoïdiennes ou spinales, permettent, dans la plupart des cas, de visualiser les parasites avec suffisamment de précision et de détails pour apporter cette confirmation sans avoir recours à un prélèvement. La diagnose entre les différentes espèces de larves de taenia susceptibles de parasiter l'homme de manière accidentelle, notamment en cas de cénurose, ne peut cependant s'appuyer que sur leur morphologie, le nombre des scolex présents, la taille, le nombre et la forme des crochets.