Cette dernière décennie, des progrès spectaculaires ont été accomplis dans le traitement des infections chroniques par le virus de l'immunodéficience humaine et les virus des hépatites B et C. La compréhension fine des mécanismes de multiplication intracellulaire des virus a permis le développement d'un nombre important de molécules antivirales à usage clinique. Cependant, la chimiothérapie antivirale se heurte à plusieurs obstacles. Les virus sont des parasites intracellulaires stricts qui détournent la machinerie cellulaire pour se multiplier. Les antiviraux, en inhibant la réplication virale, peuvent ainsi perturber le métabolisme cellulaire, d'où leur fréquente cytotoxicité. De plus, les molécules utilisables chez l'homme par voie générale n'agissent que sur les virus en phase de multiplication et sont, de ce fait, dénuées d'activité sur les virus latents. Enfin, les virus possèdent une grande variabilité génétique à l'origine de la sélection de mutants résistants responsables des échappements virologiques. L'amélioration des connaissances sur les mécanismes de résistance et le développement d'outils virologiques performants ont permis d'optimiser le suivi virologique des patients traités et ont contribué au recul des échecs thérapeutiques. Néanmoins, nous ne possédons pas encore de molécules actives sur un grand nombre de virus et les recherches doivent être activement poursuivies.