De nombreux receveurs potentiels d'une transplantation cardiaque sont porteurs d'une cardiopathie congénitale (environ 50 % dans la population pédiatrique, moins de 10 % dans la population adulte mais ce chiffre est en augmentation). Les anomalies anatomiques présentes chez le receveur sont variées : anomalies des retours veineux systémique et pulmonaire, anomalies des artères pulmonaires, anomalies de l'aorte et de la crosse aortique, anomalies de position ou de situs. Certaines de ces anomalies sont liées à la malformation initiale ; d'autres sont secondaires aux interventions chirurgicales palliatives ou correctrices préalables. Ces anomalies anatomiques compliquent la transplantation cardiaque ; cependant elles peuvent toutes être résolues par un prélèvement large du greffon et la technique de transplantation cardiaque dite « totale » (qui consiste à enlever en totalité le cœur du receveur et à construire les connexions entre greffon et receveur au niveau des vaisseaux afférents et efférents). Ces techniques nécessitent une excellente préparation et collaboration entre les équipes de prélèvement et de transplantation. Malgré ces difficultés techniques, les résultats précoces et tardifs de la transplantation cardiaque pour cardiopathie congénitale sont identiques à ceux observés dans les autres indications de transplantation cardiaque.