Lo studio di un'epidemia comporta diverse tappe che sono la definizione dei casi e la conferma dell'epidemia, la preparazione all'indagine, l'analisi descrittiva dell'epidemia, la formulazione di ipotesi e l'instaurazione di misure preventive, il follow-up e la valutazione dell'implementazione di queste misure. La descrizione dell'epidemia permette il più delle volte di enunciare le ipotesi sulle cause dell'epidemia, ma sono a volte necessarie delle indagini complementari che includono uno studio analitico (indagine caso-controllo) e uno studio microbiologico o ambientale. Delle misure preventive devono essere instaurate molto precocemente, fin dall'inizio dell'indagine: esse comprendono il rafforzamento delle precauzioni di contatto e l'applicazione di misure complementari, variabili secondo il tipo di epidemia. In caso di trasmissione crociata, principale modalità di trasmissione delle epidemie osservate in rianimazione, queste misure comportano l'attuazione di precauzioni complementari di contatto per i casi e i pazienti contatto. Si deve anche realizzare una settorializzazione (cohorting) dei pazienti e del personale sanitario (con creazione di un settore «sano», di un settore di pazienti «contatto» e di un settore di raggruppamento di casi con un'equipe dedicata all'interno di ogni settore) per le epidemie legate agli enterococchi resistenti ai glicopeptidi o agli enterobatteri secretori di carbapenemasi, allo scopo di migliorare l'efficacia delle precauzioni di contatto. Si deve inoltre realizzare uno screening sistematico dei pazienti contatto dei casi. L'indagine e il controllo di un'epidemia nosocomiale richiedono una collaborazione multidisciplinare tra igienisti, personale amministrativo, clinici, biologi ed epidemiologi, con il sostegno degli organismi di tutela. Essi coinvolgono anche le istituzioni che lavorano in rete con l'ospedale dove viene denunciata l'epidemia. La partecipazione dell'amministrazione ospedaliera è indispensabile per prendere delle decisioni organizzative che possono a volte andare contro alcuni obiettivi di attività. Il Centro di coordinamento di lotta contro le infezioni nosocomiali (C-CLIN) e l'Agenzia regionale di sanità possono apportare un'esperienza e un aiuto tecnico o materiale al controllo dell'epidemia.