Moins de 25 % des diarrhées associées aux antibiotiques (DAA) sont dues à un agent infectieux. Le micro-organisme le plus souvent impliqué est Clostridium difficile pathogène nosocomial et communautaire. L'expression clinique des infections à C. difficile (ICD) varie de la simple diarrhée à la colite pseudomembraneuse voire fulminante. Depuis l'émergence d'une souche épidémique (BI/NAP1/027) dans les années 2000, la sévérité et la fréquence des récurrences des ICD s'accroissent. L'amélioration des connaissances sur la pathogénicité de C. difficile a permis la mise au point d'outils diagnostiques performants utilisant la biologie moléculaire. De nouvelles avancées dans les modalités thérapeutiques des récurrences émergent. La fidaxomicine et la transplantation fécale font l'objet d'essais thérapeutiques encourageants. Plus rarement, la responsabilité d'autres bactéries telle que Klebsiella oxytoca est évoquée dans les DAA.