Les autoanticorps sont une aide au diagnostic de nombreux rhumatismes inflammatoires ou de diverses connectivites : citons les facteurs rhumatoïdes et les antipeptides/protéines citrullinés pour la polyarthrite rhumatoïde (surtout s'ils sont associés dans un même sérum), les anticorps anti-acide désoxyribonucléique natif et les anti-Sm pour le lupus systémique, les anticentromères ou les antitopo-isomérases I (Scl70) pour les sclérodermies, les antisynthétases pour les polymyosites, les anticorps anticytoplasme de polynucléaires neutrophiles (ANCA) pour la polyangéite granulomateuse, les anticardiolipines et les anticoagulants circulants pour le syndrome des antiphospholipides.