En nombre infime par rapport aux autres espèces de bilharzioses, Schistosoma intercalatum n'a été reconnu qu'assez tardivement. Mais récemment ont été différenciées deux espèces très voisines, Schistosoma intercalatum au Congo et Schistosoma guineensis dans plusieurs pays d'Afrique centrale. Dans le contexte polyparasitaire de cette région, il est souvent difficile d'identifier les symptômes d'une bilharziose rectale, qui peut plutôt évoquer une amœbose intestinale, mais le contexte épidémiologique local doit aiguiser la vigilance. Les éléments du cycle biologique sont peu différents de ceux des autres espèces. Mais le diagnostic est facilement établi sur un examen approfondi des œufs dont l'aspect est très caractéristique. Cette forme de bilharziose est habituellement bénigne. Le praziquantel est efficace.