Le traitement pharmacologique des troubles du rythme repose sur le bon usage des molécules antiarythmiques. Elles sont utilisées en première intention pour prévenir une récidive de fibrillation atriale. Elles peuvent également améliorer la tolérance d'une arythmie. Le traitement médical cède la place aux techniques ablatives pour les arythmies réentrantes supraventriculaires (flutter atrial, tachycardie jonctionnelle). À l'étage ventriculaire, c'est un appoint au défibrillateur implantable qui seul a démontré sa capacité à réduire l'incidence de la mort subite. Le traitement anticoagulant est d'une importance majeure dans la prise en charge médicale des arythmies atriales emboligènes. Dans ce domaine on retient les progrès apportés par les nouveaux anticoagulants.