Chez le nourrisson et l'enfant, l'exploration fonctionnelle respiratoire permet, comme chez l'adulte, l'analyse physiopathologique des pathologies respiratoires et le suivi de la croissance pulmonaire perturbée par une pathologie néonatale ou infectieuse. Avant l'âge de 3 ans, l'exploration ne peut être réalisée que pendant le sommeil. Entre 3 et 6 ans, l'exploration demande une coopération passive (accepter pince-nez et embout buccal). Après l'âge de 6 ans, comme chez l'adulte, il s'agit de rechercher une obstruction bronchique avec ou sans retentissement sur les volumes pulmonaires, sur les échanges gazeux, avec ou sans effet des bronchodilatateurs. Dans les pathologies plus rares, l'élasticité du parenchyme pulmonaire et les propriétés de diffusion peuvent être évaluées. L'exploration de base peut être complétée par la recherche d'une hyperréactivité bronchique ou une épreuve d'effort. Les résultats exprimés en pourcentage par rapport à la taille permettent de suivre l'évolution de la pathologie et d'adapter le traitement dans l'espoir d'une fonction respiratoire la plus « normale possible » à l'âge adulte. Chez le nourrisson et l'enfant, la polygraphie ventilatoire ou la polysomnographie nocturne permet de mettre en évidence des anomalies respiratoires spécifiques de l'état de sommeil, une aggravation de l'état d'éveil dans diverses pathologies. Grâce à un matériel informatisé, complété par une analyse visuelle, il est possible de repérer des événements respiratoires anormaux comme les apnées, les hypopnées, les épisodes de désaturation, les micro-éveils et des ronflements. Le retentissement de ces anomalies ou de celles d'éveil sur les échanges gazeux nocturnes est apprécié par la mesure de la saturation ou de la gazométrie cutanée. Une hypoxémie nocturne peut conduire à une hypertension pulmonaire responsable d'une insuffisance cardiaque droite. La déstructuration de l'architecture du sommeil peut conduire à un retard des acquisitions, des troubles de l'apprentissage et du comportement (hyperactivité). L'examen réalisé permet de décider une intervention chirurgicale, voire une ventilation non invasive nocturne.