Il posto della chirurgia è notevolmente cambiato negli ultimi anni, a causa dello sviluppo di nuovi trattamenti medici efficaci. Tuttavia, più del 60% dei pazienti affetti da malattia di Crohn è operato almeno una volta nel corso della vita. Le decisioni di chirurgia si discutono in occasione di riunioni di concertazione pluridisciplinare. Le indicazioni chirurgiche si riassumono nel trattamento delle complicanze (stenosi, masse infiammatorie, perforazioni e fistole sintomatiche) e degli insuccessi del trattamento medico. L'approccio laparoscopico è, attualmente, la via d'accesso di elezione. La resezione ileocecale è l'intervento più comunemente realizzato per le malattie di Crohn del tenue. Il principale obiettivo è il risparmio intestinale. La resezione deve essere limitata alle lesioni macroscopiche responsabili della sintomatologia. Le stricturoplastiche sono state proposte come alternativa alla resezione intestinale. La loro indicazione si discute quando la resezione fa correre il rischio di un tenue corto (lesioni multiple o recidive ripetute). Il colon è interessato in circa un quarto dei pazienti. Lo scopo della gestione è di ritardare l'ileostomia definitiva. La colite acuta grave rappresenta la principale indicazione chirurgica in urgenza in caso di lesione colorettale. Il trattamento consiste in una colectomia subtotale senza ripristino della continuità digestiva. Al di fuori dell'urgenza, le indicazioni chirurgiche sono le coliti resistenti al trattamento medico e le lesioni stenosanti sintomatiche o insuperabili in endoscopia. Un'altra indicazione è la presenza di una displasia o di un cancro. In assenza di lesione rettale o in caso di lesione minima, è lecito realizzare una colectomia subtotale con anastomosi ileorettale. Nelle altre situazioni (lesione grave, lesioni anoperineali che compromettono la funzione sfinterica, incontinenza), una coloproctectomia con ileostomia terminale definitiva rimane l'intervento di riferimento. L'alternativa a questo intervento, in pazienti selezionati, è la coloproctectomia totale con anastomosi ileoanale.