La diarrhée chronique est un motif fréquent de consultation en pédiatrie, posant essentiellement le problème de son étiologie. La cause la plus fréquente est la colopathie fonctionnelle qui débute généralement dans la deuxième année par une diarrhée motrice sans retentissement nutritionnel. Des selles graisseuses et nauséabondes évoquent une insuffisance pancréatique externe dont l'étiologie principale est la mucoviscidose. Les principales causes de malabsorption intestinale sont représentées par la maladie cœliaque débutant généralement après 6 mois, l'allergie aux protéines du lait de vache à début plus précoce, les infections parasitaires, la maladie de Crohn du grêle chez l'enfant plus grand. En cas de selles acides, il faut évoquer une diarrhée par fermentation qui peut révéler une intolérance congénitale à certains sucres. Les diarrhées sécrétoires liées à des tumeurs sont exceptionnelles. Plus fréquentes sont les colites inflammatoires, responsables de selles glairosanglantes, qui peuvent être dues à une allergie alimentaire, une infection bactérienne ou parasitaire, ou une maladie inflammatoire chronique de l'intestin.