Les bacilles anaérobies à Gram positif ont connu de profonds remaniements taxonomiques ces dernières années. L'identification est possible pour certaines espèces à l'aide de galeries d'identification ou, plus récemment, par spectrométrie de masse, mais souvent l'identification doit faire appel à des méthodes de biologie moléculaire. Parmi les bacilles sporulés, le genre Clostridium comporte des espèces d'intérêt médical majeur (C. tetani, C. botulinum, C. perfringens). La grande majorité des Clostridium est sensible aux pénicillines et au métronidazole. Parmi les bacilles non sporulés, les Actinomyces sont responsables de suppurations aiguës ou chroniques sévères caractérisées par la formation de grains au niveau des tissus. Les Propionibacterium sont des commensaux cutanés qui peuvent devenir pathogènes opportunistes responsables d'infections ostéoarticulaires, de bactériémies, d'endocardites ou d'abcès du cerveau. Ils sont naturellement résistants au métronidazole. De nombreux autres genres au sein des bacilles non sporulés peuvent participer à des infections diverses. Le groupe des cocci anaérobies à Gram positif (CAGP) a également connu de profonds remaniements taxonomiques. La quasi-totalité des espèces classées dans le genre Peptostreptococcus a été reclassée dans les genres Finegoldia, Parvimonas, Anaerococcus, Peptoniphilus, Micromonas et Gallicola. Deux espèces sont reconnues comme des pathogènes opportunistes importants chez l'homme, Parvimonas micra et Finegoldia magna, cette dernière espèce occupant une place particulière au sein des CAGP du fait de sa prévalence dans les infections humaines, de sa virulence et de sa résistance aux antibiotiques.