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Méthodes d’identification et de quantification des moisissures de l’habitat : méthodes classiques, méthodes moléculaires - 08/12/17

Doi : 10.1016/j.rmr.2017.01.009 
E. Fréalle a, b, , V. Bex c, G. Reboux d, S. Roussel d, S. Bretagne e, f
a Université Lille, CNRS, Inserm, CHU de Lille, institut Pasteur de Lille, U1019 - UMR 8204 - CIIL -Center for Infection and Immunity of Lille, 59000 Lille, France 
b CHU Lille, Laboratoire de parasitologie-mycologie, 59000 Lille, France 
c Service parisien de santé environnementale, 75013 Paris, France 
d Chrono-environnement UMR 6249 CNRS, de parasitologie-mycologie, université de Bourgogne Franche-Comté, CHU de Besançon, 25000 Besançon, France 
e Laboratoire de parasitologie-mycologie, hôpital Saint-Louis, Assistance Publique–Hôpitaux de Paris (AP–HP) & Paris-Diderot, Sorbonne Paris Cité Université, 75010 Paris, France 
f CNRS URA3012, unité de mycologie moléculaire, centre national de référence des mycoses invasives et des antifongiques, institut Pasteur, 75015 Paris, France 

Auteur correspondant. Centre d'infection et d'immunité de Lille, institut Pasteur de Lille, 1, rue du Pr-Calmette, BP245, 59019 Lille, France

Résumé

Introduction

Pour appréhender les répercussions de l’inhalation constante et inévitable de spores de moisissures il est nécessaire de les prélever, les identifier et les quantifier.

État des lieux

Les prélèvements sont de trois types : (i) surfaces, de réalisation facile mais non quantifiables, (ii) air, faciles à calibrer mais limités dans le temps, et (iii) poussières, plus représentatifs dans le temps d’une exposition aux moisissures. La stratégie d’échantillonnage dépend des objectifs (exposition des personnes, objectiver la contamination, efficacité de la remédiation). L’identification des colonies obtenues en culture est réalisée par microscopie, Maldi-TOF, et/ou par séquençage ADN.

Perspectives

Les capteurs à poussières, faciles à mettre en œuvre et peu coûteux, représentent une alternative pour la caractérisation qualitative et quantitative de la flore fongique lors des enquêtes à domicile. Le comptage des colonies devrait être progressivement associé aux méthodes de PCR quantitative en temps réel dans l’attente de standardisation des méthodes de séquençage à haut débit.

Conclusion

La diversité des moisissures, du nombre de spores inhalées, et l’association à d’autres allergènes rendent l’évaluation des liens entre moisissures et impact sur la santé difficile, d’où l’importance du développement d’outils quantitatifs faciles à mettre en œuvre.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Summary

Introduction

To study the impact of the constant and inevitable inhalation of moulds, it is necessary to sample, identify and count the spores.

Background

Environmental sampling methods can be separated into three categories: surface sampling is easy to perform but non quantitative, air sampling is easy to calibrate but provides time limited information, and dust sampling which is more representative of long term exposure to moulds. The sampling strategy depends on the objectives (evaluation of the risk of exposure for individuals; quantification of the household contamination; evaluation of the efficacy of remediation). The mould colonies obtained in culture are identified using microscopy, Maldi-TOF, and/or DNA sequencing.

Viewpoints

Electrostatic dust collectors are an alternative to older methods for identifying and quantifying household mould spores. They are easy to use and relatively cheap. Colony counting should be progressively replaced by quantitative real-time PCR, which is already validated, while waiting for more standardised high throughput sequencing methods for assessment of mould contamination without technical bias.

Conclusion

Despite some technical recommendations for obtaining reliable and comparable results, the huge diversity of environmental moulds, the variable quantity of spores inhaled and the association with other allergens (mites, plants) make the evaluation of their impact on human health difficult. Hence there is a need for reliable and generally applicable quantitative methods.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots clés : Moisissure, PCR quantitative, Contamination intradomiciliaire, Exposition aérienne, Collecteur de poussières

Keywords : Mould, Quantitative PCR, Household contamination, Environmental air exposure, Dust collector


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Vol 34 - N° 10

P. 1124-1137 - décembre 2017 Retour au numéro
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  • Examens mycologiques et parasitologiques dans la prise en charge des infections pulmonaires
  • L. Lachaud, J.P. Gangneux
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