L’identification des agents pathogènes est importante pour la mise en œuvre d’un traitement adapté des infections respiratoires basses (IRB) mais les méthodes diagnostic classiques sont souvent mises en défaut. Nous rapportons l’impact sur la pratique clinique de l’utilisation de la PCR multiplex pour la détection de 18 virus et 4 bactéries. Entre janvier 2012 et avril 2014, une PCR multiplex a été réalisée sur aspiration nasopharyngée chez tous les patients adultes hospitalisés pour une IRB dans le service de maladies infectieuses du CHU de Tours. Sur 133 patients testés, un pathogène a été identifié chez 72 patients (54 %) dont 4 cas avec un Mycoplasma pneumoniae. Les 68 autres identifications étaient des virus avec Myxovirus influenzae A (22 patients), Rhino/entérovirus (16), Coronavirus (11), Bocavirus (11), Metapneumovirus (6), virus syncitial respiratoire (4), Adénovirus (4), Myxovirus influenzae B (3) et Paramyxovirus influenzae (2). Avec les méthodes classiques, un agent pathogène a été identifié dans 6 cas : 3 Streptococcus pneumoniae et 3 Mycoplasma pneumoniae. Lorsqu’un virus a été identifié comme cause de l’IRB, la radiographie pulmonaire montrait un syndrome alvéolaire dans 21 cas. L’identification d’un agent viral par PCR multiplex a permis un arrêt anticipé de l’antibiothérapie chez 14 patients et l’absence d’initiation d’un antibiotique chez 6 autres patients. La PCR multiplex est utile pour l’identification microbiologique des infections respiratoires virales (54 %) et pour la prise en charge des patients en limitant la prescription inappropriée d’antibiotique (15 % d’arrêt ou de non prescription).