Approche génomique des néphropathies indéterminées - 06/09/22
, J. Torrents, N. Jourde-Chiche, S. Greillier, B. Dussol, P. Brunet, L. Raymond, S. BurteyRésumé |
Introduction |
Les maladies rénales chroniques (MRC) d’origine indéterminée représentent près de 20 % des IRCT en France. Les techniques de séquençage à haut débit ont permis de montrer la sous-estimation des causes monogéniques de MRC.
Description |
Depuis janvier 2019, 218 patients ont bénéficié d’un séquençage entier de l’exome dans le cadre de la prise en charge diagnostique d’une néphropathie indéterminée (NI) dans notre centre (exclusion des présentations typiques de PKD, des néphropathies familiales à IgA, des syndromes de Gitelman/Bartter typiques, et des diagnostics génétiques établis).
Méthodes |
Nous analysé les SNP et CNV.
Résultats |
La cohorte comprend 124 (56,9 %) hommes, l’âge médian est de 48 [37–62] ans, 89 (40,8 %) patients sont en MRC stade V, 26 (11,7 %) rapportent une consanguinité et 114 (50,9 %) ont des antécédents familiaux de MRC. Le rendement diagnostique de l’exome est de 38 %. Les variants retrouvés concernent principalement des pathologies glomérulaires (60 %), en particulier de type Alport : COL4A4 (17) ; COL4A3 (13) ; COL4A5 (7) ; TTC21B (3) ; APOL1 (2) ; INF2 (2) ; PAX2 (2) ; TRPC6 (2) ; COQ8B (1) ; NPHS1 (1). Puis des maladies tubulo-interstitielles : UMOD (7) ; CLCN5 (2) ; NPHP1 (2) ; NPHP3 (1) ; HNF1B (1) ; KCNJ1 (1) ; SLC5A2 (1). Puis les maladies kystiques/CAKUT : PKHD1 (2) ; DNAJB11 (2) ; VHL (1) ; PKD1 (1) ; GREB1L (1) ; PBX1 (1), et enfin les néphropathies vasculaires : TREX1 (1) ; CFH (1) et C3 (1). La consanguinité (18 % vs 8,2 % ; p=0,04) et l’histoire familial de MRC (69,2 vs 40,4 %, p<0,0001) sont les seuls facteurs prédictifs d’un exome positif. Le taux de phénocopie global est de 36,4 %, allant de 24 % pour les NI glomérulaires à 67,7 % pour les NI tubulo-interstitielles et vasculaires. Chez 10 patients ayant eu un exome en première intention, le rendement est de 70 % (Fig. 1).
Conclusion |
Les néphropathies monogéniques ne sont pas rares chez les patients avec une NI. Une histoire familiale de MRC est fortement prédictive d’exome positif. Le syndrome d’Alport est sous-diagnostiqué, et les phénocopies fréquentes. La réalisation d’un exome permet d’établir un diagnostic chez un patient sur trois avec un NI permet le dépistage des apparentés, et parfois l’accès à des thérapies spécifiques.
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Vol 18 - N° 5
P. 309-310 - septembre 2022 Retour au numéro
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