La Presse Médicale
Volume 38, numéro 10
pages 1443-1450 (octobre 2009)
Doi : 10.1016/j.lpm.2009.05.014 Mises au point
| | | Recherche des sources d’information institutionnelle de santé françaises : le « Catalogue et index des sites médicaux francophones » (CISMeF) Searching French institutional health information sources: Catalogue and index of French-language medical sites (CISMeF) | |
Saoussen Sakji, Benoît Thirion, Badisse Dahamna, Stéfan Jacques Darmoni  
CISMeF, Centre hospitalier universitaire de Rouen, GCSIS, LITIS EA 4108, Institut de recherche biomédicale, Université de Rouen, F-76031 Rouen, France
Stéfan Jacques Darmoni, CISMeF, Centre hospitalier universitaire de Rouen, 1 rue de Germont, F-76031 Rouen, France. Le Catalogue et index des sites médicaux francophones (CISMeF), est un portail dédié au domaine médical permettant de fournir à l’utilisateur un résultat aussi pertinent que possible selon ses besoins, ses attentes et son contexte d’utilisation. L’indexation et la recherche monoterminologiques sont fondées sur le thésaurus Medical subject headings (MeSH). L’intégration de nouvelles terminologies médicales pour l’indexation des ressources du catalogue a pour but de minimiser les faux-négatifs lors de la recherche d’information et de contextualiser les besoins des utilisateurs. La création du Portail d’information sur les médicaments (PIM) permet une recherche plus ciblée avec de nombreux accès selon l’utilisateur (médecin, pharmacien, chimiste, pharmacologiste). Par souci de simplicité pour l’utilisateur, l’indexation des ressources du catalogue par les différentes terminologies n’est pas affichée en totalité. Nous laissons à l’utilisateur le choix d’affichage, avec par défaut seulement le MeSH. L’application de l’univers multiterminologique devrait être applicable sur les dossiers électroniques des patients (DEP). Dans ce cas, l’objectif serait de mieux suivre les patients par une meilleure recherche d’information et bien cerner l’information requise lors des consultations et hospitalisations. The Catalogue and index of French-language medical sites (CISMeF) is a medical portal that provides users with results as pertinent as possible according to their requirements, expectations, and context of use. Indexing and single-term research are based on the Medical subject headings (MeSH) thesaurus. The integration of new medical terminology for indexing the catalogue’s resources is intended to minimize false-negatives during searches and to contextualize the users’ needs. The creation of a drug information portal makes more targeted research possible, with numerous entries according to user (physicians, pharmacists, chemists, and pharmacologists). For simplicity’s sake, the catalogue’s index of resources by different nomenclatures is not entirely displayed. The choice of display is left to the user, with MeSH only as the default. These multi-nomenclature tools should be applicable as well to electronic patient records. In this case, the objective is to improve patient care by better searches and identification of the information required during consultations and hospitalization. | | Avec le développement des nouvelles technologies de l’information, de la communication et de l’informatique, le volume d’information disponible sur l’Internet est en augmentation constante. Ce développement a modifié les modes d’accès à l’information. L’Internet diffuse des informations hétérogènes, parfois peu validées ou mal repérées. S’intéressant au domaine médical, quelles que soient leurs expériences du Web et leurs compétences en recherche d’information, les utilisateurs rencontrent des difficultés à chercher une information de santé sur l’Internet [1Keselman A., Browne A.C., Kaufman D.R. Consumer health information seeking as hypothesis testing J Am Med Inform Assoc 2008 ; 15 : 484-495 [cross-ref]
Cliquez ici pour aller à la section Références]. La plupart des utilisateurs entament leurs recherches via les moteurs de recherche généralistes (tel que Google ), plutôt que les bases de données médicales spécialisées [2Jansen B.J., Spink A. How are we searching the World Wide Web? A comparison of nine search engine transaction logs Information Processing and Management 2006 ; 42 : 248-263 [cross-ref]
Cliquez ici pour aller à la section Références]. Cependant, avoir recours à un moteur de recherche spécialisé peut révéler de meilleurs résultats répondant aux besoins et aux attentes des utilisateurs. À travers cet article nous présentons le portail CISMeF comme exemple de recherche d’informations sur l’Internet. Un portail inclut le plus souvent un moteur de recherche et se définit comme un site Web recensant les principales ressources disponibles dans un domaine donné.
| |
|
Catalogue CISMeF et monoterminologie | CISMeF (URL : http://www.chu-rouen.fr/cismef) acronyme de Catalogue et index des sites médicaux francophones, est un portail de santé qui a été conçu pour cataloguer et indexer les sources d’information institutionnelle de santé françaises les plus importantes (Encadré 1 et Encadré 2). Encadré 1 CISMeF : financement  Le Catalogue et index des sites médicaux francophones (CISMeF) est depuis son origine en février 1995 accessible gratuitement. Néanmoins, la part de financement du CHU de Rouen a diminué au cours du temps pour atteindre en 2009 environ 30 % des coûts directs. Le CISMeF a obtenu un grand nombre de financements publics et plus récemment privés. Tous ces financements ne sont pas pérennes pour la plupart. Un changement stratégique a été entrepris en 2005: nous avons déjà développé un logiciel de connaissance contextuelle valorisé à l’Université de Rouen ; une entreprise privée à partir des différentes réalisations de l’équipe CISMeF est en cours d’incubation en Haute-Normandie. Encadré 2 CISMeF : statistiques de consultation Le Catalogue et index des sites médicaux francophones (CISMeF) est utilisé par environ 40 000 personnes par jour ouvré (sans savoir la proportion respective des professionnels de santé et des patients, essentiellement pour des raisons éthiques). Ces chiffres nous classait en 5e position des sites de santé en France en 2008 (source: Le Monde ) derrière par exemple Doctissimo . Sur le plan institutionnel, CISMeF se classe derrière ameli.fr mais bien devant la majorité des sites institutionnels producteurs d’information, comme la Haute autorité de santé (HAS) ou l’Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé (AFSSAPS). CISMeF applique une politique éditoriale stricte : recenser des ressources institutionnelles ; ne pas recenser de ressources commerciales. CISMeF adhère aux principes de qualité de l’information de santé sur l’Internet défini par Health on net foundation depuis dix ans maintenant [3Boyer C., Gaudinat A., Baujard V., Geissbühler A. Health on the Net Foundation: assessing the quality of health web pages all over the world Medinfo 2007 ; 12 : 1017-1021
Cliquez ici pour aller à la section Références]. Dans ce contexte, le portail CISMeF peut être défini comme un portail de santé de qualité. Comme le définit Koch [4Koch T. Quality-Controlled subject gateways: definitions, typologies, empirical overview, Subject gateways. Online Information Review 2000; 24:24-34.
Cliquez ici pour aller à la section Références], un portail de qualité dédié est un ensemble de services de l’Internet qui respectent et intègrent plusieurs mesures de qualité afin de détecter d’une manière automatique les nouvelles ressources de qualité qui font référence au domaine d’application. Intégrant un moteur de recherche spécialisé Doc’CISMeF, le portail CISMeF permet une recherche plus pertinente non seulement pour les professionnels de santé et les étudiants en médecine mais aussi pour les patients et le grand public. Depuis 1995, CISMeF utilise deux outils standards pour organiser l’information : le thésaurus Medical subject headings (MeSH) (utilisé le plus souvent pour indexer les citations de la base de données Medline ) et un ensemble de métadonnées extraites du Dublin Core [5Dekkers M, Weibel S. State of the Dublin core metadata initiative. D-Lib Mag 2003; 9. ( cliquez ici ).[Date de consultation avril 2009].
Cliquez ici pour aller à la section Références]. Les métadonnées se réfèrent aux informations descriptives des ressources Web et dont les plus importantes sont : site éditeur, auteurs, titre de la ressource, date de publication, résumé, indexation avec ou sans vocabulaire contrôlé, type de la ressource, format. Pour plus de précision, huit métadonnées spécifiques à CISMeF ont été ajoutées, telles que pays, institution, niveau de preuve. La terminologie CISMeF encapsule la version française du thésaurus MeSH dans la mesure où, d’une part, elle comprend des concepts déjà existants dans le MeSH (descripteurs, qualificatifs et supplementary concepts ) et, d’autre part, elle utilise de nouveaux concepts (métatermes, types de ressources et stratégies de recherche). En effet, dans le but d’adapter le MeSH aux ressources de santé sur l’Internet plutôt qu’au signalement des références bibliographiques, des améliorations ont été réalisées depuis l’année 2000. En plus des supplementary concepts (termes MeSH non hiérarchiques faisant référence aux substances chimiques), des descripteurs MeSH (termes qui permettent l’indexation des ressources) et des qualificatifs MeSH (termes qui permettent de préciser le sens d’un descripteur), deux nouveaux concepts ont été créés par l’équipe CISMeF : les types de ressources et les métatermes. La paire (descripteur/qualificatif) décrit le centre d’intérêt du document. Par exemple, une ressource décrite par le terme composé asthme/thérapie, où asthme est le descripteur et thérapie est le qualificatif, indique que le contenu du document traite des effets thérapeutiques de l’asthme. Comme les descripteurs MeSH et les qualificatifs MeSH, les types de ressources sont organisés hiérarchiquement depuis leur création en 1997. Ils sont une extension des types de publications du MeSH et sont utilisés afin de catégoriser la nature de la ressource, son contenant tels que : information patient et grand public, dictionnaire médical, ouvrage d’orientation… À ce jour, nous avons créé 293 types de ressources CISMeF, dont la liste est disponible : cliquez ici . Par exemple, si une ressource de l’Internet est une recommandation sur le traitement de l’asthme, le concept de « recommandation » est le type de ressources puisqu’il s’agit du contenant, le concept d’« asthme » est le descripteur MeSH et le concept de « traitement » est un qualificatif (ces deux derniers traitant du contenu de ce document). Les métatermes CISMeF (tels que cardiologie, cancérologie) sont des spécialités médicales ou des sciences biologiques ayant un lien sémantique avec un ou plusieurs descripteurs MeSH, qualificatifs MeSH et types de ressources. Cette liste a été établie en partie à l’aide des « Nomenclatures des professions de santé : formations, qualifications, postes hospitaliers, activités exercées » [Bulletin officiel ; 93-7 bis. Paris : Journal officiel] et des sections et sous-sections médicales du Conseil national des universités. Ces liens sémantiques ont été établis manuellement par le conservateur de la bibliothèque médicale et codirecteur de l’équipe CISMeF (Benoit Thirion). À ce jour, nous avons créé 116 métatermes CISMeF, dont la liste est disponible : cliquez ici L’ajout d’un tel concept permet d’avoir une vision générale du MeSH concernant une spécialité. Les travaux de Gehanno et al. [6Gehanno JF, Thirion B, Darmoni SJ. Evaluation of meta-concepts for information retrieval in a quality-controlled Health Gateway. AMIA Annu Symp Proc 2007; 269-73.
Cliquez ici pour aller à la section Références] ont montré que l’emploi des métatermes permet d’optimiser la recherche en augmentant le rappel. Par exemple, utiliser le métaterme « psychiatrie » permet une stratégie efficace pour couvrir tout le champ de la psychiatrie dans le MeSH : au lieu d’explorer une seule hiérarchie MeSH, on peut obtenir une expansion automatique de la requête en explorant d’autres relations MeSH. Par exemple, « hôpital psychiatrique », un mot clef MeSH, et « un dispensaire de santé mental », un type de ressource, vont être exploités grâce aux liens sémantiques existants entre le métaterme et les autres concepts de la terminologie de CISMeF (descripteur, qualificatif et type de ressources) (Figure 1). Les métatermes sont également utilisés pour catégoriser les ressources CISMeF, ce qui permet d’avoir une vision par discipline plus générale que celle indiquée par l’indexation par mots-clés. Dans une première étude, cette catégorisation par les métatermes a montré une précision de 81 % et un rappel de 93 % sur 123 ressources [7Névéol A., Soualmia L.F., Douyère M., Rogozan A., Thirion B., Darmoni S.J. Using CISMeF MeSH “Encapsulated” terminology and a categorization algorithm for health resources Int J Med Inform 2004 ; 73 (1) : 57-64
Cliquez ici pour aller à la section Références]. Grâce à une collaboration importante avec la US National library of medicine (NLM), une seconde étude a comparé les métatermes de CISMeF et les journal descriptors (JD) de la NLM pour catégoriser 100 articles scientifiques indexés dans Medline : aucune différence significative entre les deux approches n’a été trouvée (les métatermes fondés sur des liens sémantiques alors que les JDs sont calculés statistiquement) [8Humphrey S.M., Névéol A., Gobeil J., Ruch P., Darmoni S.J., Browne A. Comparing a Rule Based vs. Statistical System for Automatic Categorization of MEDLINE Documents According to Biomedical Specialty J Am Soc Inform Sci Technol 2009 ; accepted.
Cliquez ici pour aller à la section Références].
|
| | 
| Figure 1. Les relations entre les métatermes et les descripteurs MeSH, les qualificatifs MeSH et les types de ressources CISMeF Zoom | Les stratégies de recherche (SR) permettent d’introduire des concepts non précis dans le MeSH en construisant des requêtes complexes maniant plus d’un descripteur MeSH ou d’un qualificatif. Par exemple, la notion de fonction de la conscience n’existe pas dans le MeSH. Nous avons créé la stratégie de recherche suivante SR (fonction de la conscience)=conscience/physiologie, où conscience est un descripteur MeSH et physiologie un qualificatif. À ce jour, nous avons créé dans CISMeF plus 200 stratégies de recherche.
| |
|
Stratégie d’indexation des ressources du catalogue CISMeF | Selon le degré d’importance des ressources recensées dans le catalogue CISMeF, trois niveaux d’indexation sont appliqués : le premier niveau (N1) pour une indexation manuelle, le deuxième niveau (N2) pour une indexation supervisée et le troisième niveau (N3) pour une indexation automatique. L’indexation manuelle concerne les ressources jugées importantes et prioritaires telles que : les recommandations nationales, les lectures critiques d’articles, les ressources issues des sites institutionnels (ministériels ou gouvernementaux), les cours de campus nationaux. L’indexation supervisée concerne les ressources qui sont moins importantes que celles du premier niveau, cependant jugées assez importantes pour qu’elles ne soient pas indexées qu’automatiquement. Ainsi, l’indexation supervisée est, d’abord, automatique, puis revue manuellement dans un second temps par les indexeurs de l’équipe CISMeF. On retrouve les rapports techniques, les études d’évaluation, les articles de périodiques concernant les formations médicales continues et les ressources sur les médicaments. L’indexation automatique concerne les ressources qui ont une importance mineure dans notre contexte, telles que : les rapports sur la politique de santé et de santé publique, les cours facultaires, certaines ressources sur l’information sur les médicaments. À ce jour, le catalogue contient 19 164 ressources indexées manuellement (N1), 22 542 ressources du niveau N2 (dont 9 141 ressources en attente de supervision) et 24 695 ressources indexées automatiquement (N3) 1
Statistiques datant du 2 avril 2009
. La veille documentaire se traduit par la recherche sur l’Internet et la sélection de ressources électroniques susceptibles d’être intégrées au catalogue CISMeF. Pour ce faire, une liste de sites publiant ou référençant régulièrement des documents relatifs à la santé a été construite, enrichie et mise à jour, depuis la création du catalogue en 1995. Ces sites sont classés en fonction de la fréquence à laquelle ils sont actualisés (quotidienne, hebdomadaire, mensuelle, annuelle). Quel que soit leur domaine d’application, ils ont en commun la particularité d’annoncer, sur une page spécifique « nouveauté », les pages Web ou les documents nouvellement publiés ou référencés, avec les liens correspondants. Les ressources ainsi recensées sont soumises à une sélection minutieuse afin de vérifier que le document n’est pas déjà répertorié dans la base CISMeF, et par la suite s’assurer de sa pertinence pour le catalogue. Cette tâche est réalisée par un documentaliste qui se charge de la surveillance quotidienne de 854 pages Web et flux RSS. Une veille automatique sur ces mêmes sites éditeurs permet de retrouver d’autres ressources. Depuis septembre 2008, une moyenne de 23 ressources par jour est recensée. Cette liste est soumise, par la suite, au conservateur de la bibliothèque médicale qui valide le degré de pertinence des documents. Ainsi, les ressources sont répertoriées comme suit : cinq ressources (en moyenne) au niveau d’indexation manuelle, dix ressources (en moyenne) au niveau d’indexation supervisée, quatre ressources (en moyenne) au niveau d’indexation automatique et quatre ressources (en moyenne) jugées non pertinentes pour qu’elles soient intégrées dans le catalogue CISMeF. Cependant, ces chiffres ne correspondent pas tout à fait à l’accroissement du catalogue puisqu’il faut tenir compte des suppressions et des ajouts « en masse ». Par exemple, le documentaliste a récemment rajouté 600 ressources en N2 du site http://campus.neurochirurgie.fr/. Les suppressions sont le plus souvent dues à des ressources retirées du Web par leur auteur, aboutissant à la fameuse erreur 404 (document non retrouvé).
| |
|
Recherche d’information au début des années 2000 | La recherche d’information au sein du catalogue CISMeF peut être réalisée de plusieurs façons : recherche simple (texte libre), recherche avancée (selon plusieurs critères de sélection), recherche booléenne (grâce aux opérateurs booléens)… Lors d’une requête simple, le moteur de recherche fait correspondre, tant que possible, les termes de la requête avec les termes MeSH d’indexation du document. Les ressources affichées sont celles qui sont indexées par les termes de la requête et leurs équivalents (les synonymes, les termes hiérarchiquement inférieurs). Le processus de la recherche d’information se déroule sur plusieurs étapes. En effet, la requête de l’utilisateur est traitée par certaines techniques du TALN (traitement automatique du langage naturel) pour obtenir un ensemble de termes représentant la requête initiale. Par exemple, la requête q : l’asthme de l’enfant est représentée par les termes asthme et enfant qui sont des descripteurs MeSH. D’autre part, les ressources de CISMeF sont indexées par le thésaurus MeSH. Chaque document est représenté par un ensemble de termes (descripteurs MeSH) décrivant au mieux son contenu. Disposant de ces deux représentations (celle du document et celle de la requête) la mise en correspondance est réalisée permettant de retrouver les ressources répondant aux besoins de l’utilisateur.
| |
|
À ses débuts, la recherche d’information s’est déroulée en cinq étapes [9Soualmia L., Dahamna B., Thirion B., Darmoni S.J. Strategies for health information retrieval Stud Health Technol Inform 2006 ; 124 : 595-600
Cliquez ici pour aller à la section Références] |
| | • | Étape 1 : rechercher une correspondance possible entre la représentation de la requête (et les termes d’indexation du document. Par exemple, pour la requête q on cherche enfant.mr et asthme.mr ; (mr (mot réservé) : fait référence au terme d’indexation) ;
| • | Étape 2 : rechercher les termes représentatifs de la requête dans le titre de la ressource. Par exemple, pour la requête q , on cherche enfant*.ti et asthme*.ti ; (ti : fait référence au titre) ;
| • | Étape 3 : rechercher les termes représentatifs de la requête, aussi bien dans le titre qu’au niveau des termes d’indexation du document. Par exemple, pour la requête q’ : épigastralgie incidence , on cherche incidence.mr et épigastralgie.ti puisque le terme épigastralgie n’est pas un descripteur MeSH ;
| • | Étape 4 : rechercher une correspondance entre les termes représentatifs de la requête et les termes d’indexation du document. Si ce n’est pas le cas, rechercher les termes représentatifs de la requête au niveau des métadonnées du document (le titre de la ressource, la date de publication, la description du contenu, le type de la ressource, le format, le pays…). Le troisième niveau de recherche dans cette étape est de rechercher la requête initiale au niveau des métadonnées avec une mesure d’adjacence égale à n où n=5 x (nombre de termes de la requête – 1). Par exemple, la requête les problèmes respiratoires des enfants est traduite par (enfant.mr et problemes.tc et respiratoires.tc) ou (problemes respiratoires enfants.at) ; (tc (tout champ) : fait référence aux métadonnées, et at : fait référence à la mesure d’adjacence). Dans cet exemple, on cherche le terme enfant en tant que descripteur MeSH et les termes problemes et respiratoires au niveau de toutes les métadonnées (non seulement au niveau du titre de la ressource) où on cherche tous les termes de la requête (problemes respiratoires enfants ) au niveau de toutes les métadonnées avec une mesure d’adjacence égale à 5 ;
| • | Étape 5 : rechercher les termes représentatifs de la requête en tant que termes d’indexation du document, ou au niveau de toutes les métadonnées ou en plein texte avec une mesure d’adjacence égale à n où n=10 x (nombre de termes de la requête – 1). Par exemple, la requête bronchite asthmatiforme est traduite par (bronchite.mr et asthmatiforme.tc) ou (bronchite asthmatiforme.ap) ; ap : fait référence à la mesure d’adjacence en plein texte.
|
| |
|
Recherche d’information en 2007 | En 2007, afin d’améliorer le rappel et la qualité des ressources trouvées lors de la recherche d’information, l’algorithme a été simplifié en trois étapes, notamment pour considérer au même niveau la recherche d’information sur les termes MeSH et sur le titre de la ressource. Par comparaison, l’algorithme de PubMed par défaut met au même niveau la recherche sur les termes MeSH d’une part et la recherche sur le titre et le résumé d’une référence bibliographique d’autre part. Par conséquent, la recherche d’information dans CISMeF se déroulait en : • | Étape 1 : rechercher les termes représentatifs de la requête dans le titre de la ressource et au niveau des termes d’indexation ;
| • | Étape 2 : rechercher les termes représentatifs de la requête dans toutes les métadonnées de la ressource avec une mesure d’adjacence entre les mots ;
| • | Étape 3 : rechercher les termes représentatifs de la requête en plein texte avec une mesure d’adjacence entre les mots.
|
| |
|
Passage d’un monde monoterminologique vers un univers multiterminologique | Dans un objectif d’une recherche d’information plus exhaustive et plus efficace en termes de rappel 2
Terme de science de l’information qui indique que plus le rappel est élevé, plus le taux de faux-négatifs est faible
, l’équipe CISMeF a pris la décision stratégique de passer d’un monde monoterminologique à un univers multiterminologique depuis 2005. Cet objectif a dû prendre en compte la disponibilité de plusieurs terminologies, classifications, thésaurus et nomenclatures médicaux disponibles en français, et l’alignement entre celles-ci, notamment grâce au projet InterSTIS 3
Interopérabilité sémantique des terminologies dans les systèmes d’informations de santé français. URL : http://www.interstis.org. dont l’objectif est l’interopérabilité sémantique inter et intraterminologies [10Unified Medical Language System: URL : cliquez ici .[Date de consultation Avril 2009].
Cliquez ici pour aller à la section Références]. Grâce aux relations terminologiques on peut améliorer la recherche d’information et mieux répondre aux requêtes de l’utilisateur et ce via l’expansion ou la reformulation de la requête. On peut chercher toutes les liaisons possibles entre les termes de la requête appartenant à une terminologie donnée et tous les termes des autres terminologies qui sont en relation. Cette procédure permet d’élargir le champ de la recherche de l’utilisateur selon son contexte, sans néanmoins mettre en cause la pertinence thématique de l’information ni le degré de précision du système. Par exemple, grâce à la correspondance entre le terme MeSH « appareil correction auditive » et le terme Systematized nomenclature of medicine (SNOMED) « prothèse auditive », on peut enrichir notre résultat et retrouver toutes les ressources indexées non seulement par le terme « appareil correction auditive » mais aussi par le terme « prothèses auditives » et les termes qui les subsument. Le passage à un univers multiterminologique se traduit par la mise en place d’une structure intégrant les terminologies de santé en français telles que : le thésaurus MeSH, la SNOMED [11Cornet R., de Keizer N. Forty years of SNOMED: a literature review BMC Med Inform Decis Mak 2008 ; 8 (Suppl 1) : S2
Cliquez ici pour aller à la section Références], la Classification internationale des maladies, version10 (CIM-10), la Classification commune des actes médicaux (CCAM) [12Zaiss A., Hanser S. The french common classification of procedures CCAM. An option for Germany Bundesgesundheitsblatt Gesundheitsforschung Gesundheitsschutz 2007 ; 50 : 944-952
Cliquez ici pour aller à la section Références], la Classification internationale des soins primaires, deuxième édition (CISP2) [13Soler J.K., Okkes I., Wood M., Lamberts H. The coming of age of ICPC: celebrating the 21st birthday of the International Classification of Primary Care Fam Pract 2008 ; 25 : 312-317 [cross-ref]
Cliquez ici pour aller à la section Références], le Dictionnaire des résultats de consultation (DRC) [14Morel M. Pourquoi un dictionnaire des résultats de consultation en médecine générale ? La Revue du praticien Médecine générale 1996 ; 118 (311) : 83-36.
Cliquez ici pour aller à la section Références], la Classification internationale du fonctionnement, du handicap et de la santé (CIF) 4
Un mappage partiel manuel a été réalisé entre la CIF et le MeSH lors du projet PIH (Portail d’information sur le handicap)
[15Baron S., Linden M. The role of the ‘International Classification of Functioning, Disability and Health. ICF’ in the description and classification of mental disorders Eur Arch Psychiatry Clin Neurosci 2008 ; 258 (Suppl 5) : 81-85 [cross-ref]
Cliquez ici pour aller à la section Références], la classification Anatomique, thérapeutique et chimique (ATC) [16Skrbo A., Begovíc B., Skrbo S. Classification of drugs using the ATC system (Anatomic, Therapeutic Chemical Classification) and the latest changes. Med Arh 2004 ; 58 (Suppl 2) : 138-141
Cliquez ici pour aller à la section Références], très utilisée pour les médicaments. Au sein de cette structure, il a fallu respecter les spécificités particulières et la structure d’origine de chaque terminologie, et assurer par la suite, les relations inter et intraterminologiques garantissant la navigation entre les terminologies.
| |
|
Recherche d’information multiterminologique en 2009 | Disposant de cette structure multiterminologique, le back-office (base de données) de CISMeF a été mis à jour à son tour pour y inclure les nouvelles techniques et technologiques de l’univers multiterminologique. Par ailleurs, le moteur de recherche Doc’CISMeF a été modifié permettant une recherche plus large sur toutes les terminologiques médicales disponibles dans la nouvelle structure. Désormais, l’algorithme de recherche est décrit en : • | Étape 1 : rechercher les termes représentatifs de la requête dans le titre de la ressource et au niveau des termes d’indexation. Cependant, respectant la stratégie éditoriale de l’équipe CISMeF, une condition sine qua non est de privilégier l’indexation MeSH par rapport aux autres terminologies médicales. Par exemple, soit la requête de l’utilisateur « endoscopie du système nerveux » ; même si, dans un premier temps, le processus de recherche trouve un terme d’indexation CCAM avec la représentation la plus fine de la requête (soit « endoscopie du système nerveux »), il poursuit l’appariement avec des représentations moins fines (soit par exemple « endoscopie » et « système nerveux »). Ainsi, pour cet exemple, le résultat est non seulement les ressources indexées par le terme CCAM endoscopie du système nerveux , (étant donné que ce dernier est un terme d’indexation CCAM) mais aussi les ressources indexées par les descripteurs MeSH endoscopie et système nerveux (étant donné que n’a pas un descripteur MeSH endoscopie du système nerveux mais plutôt deux descripteurs MeSH endoscopie et système nerveux ;
| • | Étape 2 : rechercher tous les termes représentatifs de la requête (des plus fines au moins fines) dans toutes les métadonnées de la ressource avec une mesure d’adjacence entre les mots ;
| • | Étape 3 : rechercher tous les termes représentatifs de la requête (des plus fines au moins fines) en plein texte avec une mesure d’adjacence entre les mots.
|
Par ailleurs, grâce à l’option du filtrage, un utilisateur a toujours la possibilité de restreindre sa recherche sur une seule ou quelques terminologies médicales selon son contexte d’utilisation et ses besoins en information. Ainsi, dans le précédent exemple, si l’utilisateur limite sa recherche à la CCAM, par exemple, il n’a que les ressources indexées par le terme endoscopie du système nerveux .
| |
|
Exemple de recherche d’information multiterminologique | Un exemple déjà opérationnel en recherche documentaire multiterminologique est la réalisation d’un PIM [17Letord C., Sakji S., Pereira S., Dahamna B., Kergoulay I., Darmoni S.J. Recherche d’information multi-terminologique: application à un portail d’information sur le medicament en Europe IRBM 2008 ; 29 : 350-356 [inter-ref]
Cliquez ici pour aller à la section Références], en collaboration avec la société Vidal , dans le cadre du projet Européen Patient safety through intelligent procedures in medication (PSIP) [18PSIP (Patient safety through intelligent procedures in medication). URL : www.psip-project.eu.[date de consultation avril 2009].
Cliquez ici pour aller à la section Références]. Ce portail représente une sous-partie du portail CISMeF avec des fonctionnalités spécifiques restreintes aux informations médicamenteuses. Le PIM sera intégré prochainement aux sites Web du Vidal . Il ne sera donc accessible qu’aux clients du Vidal . Ce portail bilingue (français/anglais) a été créé afin de faciliter l’accès à l’information concernant le médicament. Il est destiné non seulement aux professionnels de santé, mais aussi au grand public. Ce portail permet un accès par nom commercial du médicament ou encore par sa dénomination commune internationale (DCI). L’information médicamenteuse peut être indexée par la classification internationale ATC [1Keselman A., Browne A.C., Kaufman D.R. Consumer health information seeking as hypothesis testing J Am Med Inform Assoc 2008 ; 15 : 484-495 [cross-ref]
Cliquez ici pour aller à la section Références] et représentée à travers les termes MeSH (y compris les supplementary concepts ), les différents codes sur les médicaments utilisés en France [Code d’identification de la présentation (CIP) [19Standardisation de la codification et du marquage des produits de santé. URL : cliquez ici .[Date de consultation Avril 2009].
Cliquez ici pour aller à la section Références], Code d’identification de la spécialité (CIS) [20Health Administration systems. URL: cliquez ici .[Date de consultation avril 2009].
Cliquez ici pour aller à la section Références], Unités communes de dispensation (UCD) [21L’assurance maladie en ligne URL: http://www.ameli.fr/index.php.
Cliquez ici pour aller à la section Références]] et le code international Chemical abstract service (CAS) [22Dittmar P.G., Stobaugh R.E., Watson C.E. The chemical abstracts service chemical registry system I. General Design J Chem Inf Comput Sci 1976 ; 16 : 111 [cross-ref]
Cliquez ici pour aller à la section Références]. Notre portail constitue ainsi un service dédié aux utilisateurs du domaine médical pour accéder aux données médicamenteuses disponibles sur l’Internet. Pour des raisons pédagogiques, le résultat de l’indexation des ressources par la classification ATC est affiché hiérarchiquement permettant une meilleure compréhension du système de classification ATC et une meilleure connaissance des médicaments. Ainsi, les utilisateurs, notamment les étudiants en médicine, peuvent obtenir l’information concernant les caractéristiques chimiques et thérapeutiques des médicaments ainsi que l’organe ou le système sur lequel ils agissent. Nous avons présenté dans cet article le portail CISMeF et les principes du passage d’une recherche d’information médicale monoterminologique grâce au thésaurus MeSH vers une recherche d’information multiterminologique plus large et assez complémentaire selon les différents contextes de l’utilisateur. Par défaut, nous n’afficherons pas les différentes indexations par la dizaine de terminologies décrites pour ne perdre l’utilisateur dans un portail qui est déjà décrit par certains médecins généralistes comme trop complexe. Nous laisserons à l’utilisateur le choix d’affichage, à moins de créer des portails spécifiques : nous avons vu que pour le portail sur le médicament, deux terminologies sont affichées par défaut : le thésaurus MeSH et la classification ATC. Chaque ressource indexée dans CISMeF possède de plus une notice détaillée : l’utilisateur avancé y trouvera l’indexation par chaque terminologie. L’application de cet univers multiterminologique devrait être applicable hors des portails d’accès à l’information sur l’Internet, en particulier sur les DEP. Dans ce cas, l’objectif serait de mieux suivre les patients et bien cerner l’information requise lors des consultations et hospitalisations. Ainsi, un exemple de requête possible au sein du DEP peut être sous cette forme : infarctus du myocarde [CIM 10] [manuel] ET bilirubine> 20 ET (même hospitalisation – même identifiant d’hospitalisation–) . Cette requête se traduit en langage naturel par : rechercher tous les patients qui ont un infarctus du myocarde codé manuellement en CIM-10 et dont un examen biologique de bilirubine est supérieur à 20 pendant la même hospitalisation. Cet exemple illustre l’intérêt de notre travail pour améliorer l’inclusion de patients dans des essais cliniques. En collaboration avec la société Oracle dans le projet PSIP, nous étudions l’intérêt d’intégrer de la sémantique lors de l’interrogation du catalogue afin d’obtenir des réponses plus pertinentes selon le contexte de l’utilisateur. Plusieurs nouvelles terminologies, classifications, thésaurus et nomenclatures médicaux seront intégrées au backoffice de CISMeF, pour permettre une recherche d’information encore plus efficace en termes de rappel : • | Le thésaurus Orphanet sur les maladies rares, en collaboration avec le service commun n°11 de l’INSERM (équipe Orphanet ) ;
| • | LOINC pour les examens biologiques, en collaboration avec la direction du système de l’information de l’AP-HP ;
| • | MedDRA et WHO-Adverse reaction terminology (ART) pour les effets secondaires sur le médicament, en collaboration avec le Laboratoire d’enseignement et de recherche sur le traitement de l’information médicale (LERTIM) de Marseille.
|
aucun. Depuis 2005, ce travail a été en partie financé par les projets suivants : VODeL (ANR-05-RNTL-041-204), PIH (ANR-05-RNTS-00-601), PSIP (Grant agreement n°216130) InterSTIS (ANR-07-TECSAN-010-02) et L3IM (ANR-08-TECS-007-02), ALADIN (ANR-08-TECS-001-02). | |
| |
| Keselman A., Browne A.C., Kaufman D.R. Consumer health information seeking as hypothesis testing J Am Med Inform Assoc 2008 ; 15 : 484-495 [cross-ref] | | | Jansen B.J., Spink A. How are we searching the World Wide Web? A comparison of nine search engine transaction logs Information Processing and Management 2006 ; 42 : 248-263 [cross-ref] | | | Boyer C., Gaudinat A., Baujard V., Geissbühler A. Health on the Net Foundation: assessing the quality of health web pages all over the world Medinfo 2007 ; 12 : 1017-1021 | | | Koch T. Quality-Controlled subject gateways: definitions, typologies, empirical overview, Subject gateways. Online Information Review 2000; 24:24-34. | | | Dekkers M, Weibel S. State of the Dublin core metadata initiative. D-Lib Mag 2003; 9. ( cliquez ici ).[Date de consultation avril 2009]. | | | Gehanno JF, Thirion B, Darmoni SJ. Evaluation of meta-concepts for information retrieval in a quality-controlled Health Gateway. AMIA Annu Symp Proc 2007; 269-73. | | | Névéol A., Soualmia L.F., Douyère M., Rogozan A., Thirion B., Darmoni S.J. Using CISMeF MeSH “Encapsulated” terminology and a categorization algorithm for health resources Int J Med Inform 2004 ; 73 (1) : 57-64 | | | Humphrey S.M., Névéol A., Gobeil J., Ruch P., Darmoni S.J., Browne A. Comparing a Rule Based vs. Statistical System for Automatic Categorization of MEDLINE Documents According to Biomedical Specialty J Am Soc Inform Sci Technol 2009 ; accepted.
| | | Soualmia L., Dahamna B., Thirion B., Darmoni S.J. Strategies for health information retrieval Stud Health Technol Inform 2006 ; 124 : 595-600 | | | Unified Medical Language System: URL : cliquez ici .[Date de consultation Avril 2009]. | | | Cornet R., de Keizer N. Forty years of SNOMED: a literature review BMC Med Inform Decis Mak 2008 ; 8 (Suppl 1) : S2 | | | Zaiss A., Hanser S. The french common classification of procedures CCAM. An option for Germany Bundesgesundheitsblatt Gesundheitsforschung Gesundheitsschutz 2007 ; 50 : 944-952 | | | Soler J.K., Okkes I., Wood M., Lamberts H. The coming of age of ICPC: celebrating the 21st birthday of the International Classification of Primary Care Fam Pract 2008 ; 25 : 312-317 [cross-ref] | | | Morel M. Pourquoi un dictionnaire des résultats de consultation en médecine générale ? La Revue du praticien Médecine générale 1996 ; 118 (311) : 83-36.
| | | Baron S., Linden M. The role of the ‘International Classification of Functioning, Disability and Health. ICF’ in the description and classification of mental disorders Eur Arch Psychiatry Clin Neurosci 2008 ; 258 (Suppl 5) : 81-85 [cross-ref] | | | Skrbo A., Begovíc B., Skrbo S. Classification of drugs using the ATC system (Anatomic, Therapeutic Chemical Classification) and the latest changes. Med Arh 2004 ; 58 (Suppl 2) : 138-141 | | | Letord C., Sakji S., Pereira S., Dahamna B., Kergoulay I., Darmoni S.J. Recherche d’information multi-terminologique: application à un portail d’information sur le medicament en Europe IRBM 2008 ; 29 : 350-356 [inter-ref] | | | PSIP (Patient safety through intelligent procedures in medication). URL : www.psip-project.eu.[date de consultation avril 2009]. | | | Standardisation de la codification et du marquage des produits de santé. URL : cliquez ici .[Date de consultation Avril 2009]. | | | Health Administration systems. URL: cliquez ici .[Date de consultation avril 2009]. | | | L’assurance maladie en ligne URL: http://www.ameli.fr/index.php. | | | Dittmar P.G., Stobaugh R.E., Watson C.E. The chemical abstracts service chemical registry system I. General Design J Chem Inf Comput Sci 1976 ; 16 : 111 [cross-ref] | |
| | | | 1
Statistiques datant du 2 avril 20092
Terme de science de l’information qui indique que plus le rappel est élevé, plus le taux de faux-négatifs est faible3
Interopérabilité sémantique des terminologies dans les systèmes d’informations de santé français. URL : http://www.interstis.org.4
Un mappage partiel manuel a été réalisé entre la CIF et le MeSH lors du projet PIH (Portail d’information sur le handicap) | |
© 2009
Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés. | | |
|
Article précédent
